Ни одна из поместных православных церквей не приняла решений конгресса касательно брака духовных лиц после рукоположения, их второго брака и принятия мирской одежды из-за их вопиющих противоречий с церковным Преданием и канонами. Новый календарь (да и то за исключением Пасхалии) сразу ввели только три поместные православные церкви: Константинопольская, Элладская и Румынская. В остальных этого не произошло из-за опасения дальнейших волнений и расколов, а также благодаря сильному отпору многих иерархов. Так, Иерусалимский патриарх заявил, что новый календарь неприемлем для его церкви ввиду опасности прозелетизма и распространения унии на Святой Земле. Самая серьёзная оппозиция исходила со стороны Александрийской церкви, чей патриарх Фотий I Пероглу (1900–1925 гг.), после договора с Антиохийским патриархом Григорием IV Хаддадом (1906–1928 гг.), Иерусалимским патриархом Дамианом Касатосом (1897–1931 гг.) и архиепископом Кипрским Кириллом III (1859–19933 гг.), созвал Поместный собор, который постановил, что нет абсолютно никакой необходимости в перемене календаря. Собор выразил большое сожаление, что этот вопрос вообще оказался на повестке дня, констатировав при этом, что изменение календаря представляет опасность для единства православия не только в Греции, но и во всём мире. После своей отставки и «великой катастрофы» (поражения Греции в войне с Турцией в 1924 г. с последовавшим судьбоносным обменом населения между двумя странами) Мелетий оказался в Александрии, где с помощью политической поддержки был назван вторым кандидатом на трон Александрийского патриархата. Египет был в то время под британским мандатом, и египетское правительство имело право подтвердить кандидатуру одного из двух представленных кандидатов на трон патриарха. Целый год оно тянуло со своим решением, чтобы 20 мая 1926 г. под нажимом англичан подтвердить кандидатуру Мелетия на престол папы и патриарха Александрийского. Тогда Мелетий (под предлогом заботы о единстве греческой диаспоры с родиной) ввёл новый календарь и в Александрийской церкви. На новой кафедре патриарх Мелетий проявил себя не менее деятельным, но здесь его энергия нашла себе приложение в организации и расширении пришедшего в упадок древнего патриархата. При нём были составлены документы, до наших дней являющиеся основой устройства Александрийской церкви: «Положение о священническом служении» (15 мая 1930 г.), «Положение о Синоде» (13 ноября 1931 г.), «Органический закон Греко-православной Александрийской Патриархии» (27 июня 1934 г.). Мелетий укрепил за Александрийским патриархатом юрисдикцию над всей Африкой, и (объезжая континент) учредил кафедры в Йоханнесбурге ( 1928 г.), Бенгази, Тунисе (1931 г.), Судане и Эфиопии. Для подготовки клира основал Свято-Афанасиевское духовное училище в 1928 г., преобразованное в 1934 г. в высшую духовно-педагогическую семинарию. В период его предстоятельства велось активное строительство новых храмов и благотворительных учреждений. В 1930 г., в качестве главы церковной делегации, Мелетий (Метаксакис) принял участие и в конференции в Ламбете, где вёл переговоры о единстве между англиканцами и православными и признал силу англиканских хиротоний. Он также поучаствовал в Ватопедской межправославной комиссии в том же году по вопросу предстоящего диалога с нехалкидонскими Восточными церквами. Перед концом жизни, несмотря на серьёзную болезнь, Мелетий пытался выдвинуть свою кандидатуру и на престол патриарха Иерусалимского. Однако после тяжёлой шестидневной агонии, 28 июля 1935 г. он скончался в Цюрихе (Швейцария ) и был похоронен в Каире с большими почестями. Его личность вызывала немало недвусмысленных откликов. Так, митрополит Керкирский Мефодий (Кондостанос) (ум. в 1967 г.) называл его «беглец со святых мест, из Китии, из Афин, из Константинополя, Мелетий Метаксакис – непостоянный и неспокойный властолюбивый дух, злой демон». Собрат-масон Александр Зервудакис писал, что «очень немного таких которые, как брат Мелетий, приняли масонство и сделали его своим жизненным опытом. И было для нас настоящей потерей то, что он был призван... так скоро в вечность...». По оценке церковного историка священника Срболюба Милетича, Мелетий (Метаксакис) – «один из величайших реформаторов Православной Церкви оставил после себя нестабильное, болезненное и тревожное положение, последствия которого будут ощущаться ещё много десятилетий, а вероятнее всего и веков».