Как Вселенский патриарх Мелетий особое внимание посвятил попыткам переустройства отношений между поместными православными церквами в мире, особенно в касательно диаспор. Его решения, письма, томосы и энциклики, были не только предметом споров, но (иногда) и логически противоречили друг другу. Так, не признавая автокефалии Албанской церкви под предлогом того, что православное население составляет меньшинство, Мелетий, наперекор актам Русской церкви, признал отделение Польской церкви, которая точно так же находилась в меньшинстве в Польше. Мелетий стремился напрямую подчинить Константинопольской кафедре православные диаспоры всех земель. Не спрашивая Афинский Синод, он в 1922 г. использовал свои связи с греческой диаспорой в Америке и подчинил её себе, издав Томос об основании архиепископии для Северной и Южной Америки в Нью-Йорке, с тремя епископиями – в Бостоне, Чикаго и Сан-Франциско. Для подчинения себе других диаспор он в том же году назначил экзарха для всей Западной и Центральной Европы в Лондоне с титулом митрополита Фиатирского, после чего начал оспаривать право митрополита Евлогия управлять русскими приходами в Западной Европе. Подобные действия продолжались и в 1923 г. Хотя Сербская церковь уже имела свою епархию в Чехословакии, где в те годы возрождалось православие, 4 марта 1923 г. патриарх Мелетий хиротонисал архимандрита Савватия во «архиепископа Праги и всей Чехословакии», и дал ему Томос № 1132 о восстановлении древней Кирилло-Мефодиевской архиепископии, которую потом определил под юрисдикцию Константинопольской патриархии . 9 июля 1923 г. Мелетий подчинил себе епархии Русской церкви в Финляндии в форме автономной Финской церкви, а Томосом от 23 августа 1923 г. сделал то же в отношении Эстонии. Наконец, под председательством Мелетия Константинопольский Синод решает, что для православной диаспоры в Австралии необходимо образовать новую епархию, с кафедрой в Сиднее, подчинённую Константинополю, что было сделано уже в 1924 г. Волна нестроений и возмущений, всколыхнувшая православный мир в связи с юрисдикционными преобразованиями, совместилась с негодованием по поводу мелетиевских новшеств, особенно в отношении «нового календаря». Продиктованный сверху, навязанный в противоречии с прежними соборными решениями, вводимый под политическим давлением, так называемый «новый календарь» вызвал расколы и кровавые уличные столкновения. В Стамбуле дошло до серьёзных волнений, во время которых население громило патриаршие покои и подвергло самого Мелетия телесным побоям. 1 июня 1923 г. здесь собралась большая группа возмущённого духовенства и верующих, которые напали на Фанар с целью свергнуть Мелетия и выгнать его из города. Именно эти волнения дали начало так называемой Турецкой православной церкви. Однако Мелетий продержался в весьма накалённой атмосфере ещё месяц, до того как 1 июля 1923 г., под предлогом болезни и необходимости лечения, покинул Стамбул. 10 июля, взяв трёхмесячный отпуск и предоставив Синоду все права по управлению церковью, он удалился на Афон. Потом при сильном давлении греческого правительства и вмешательстве Афинского архиепископа, патриарх Мелетий, наконец, подал в отставку со своего поста 20 сентября 1923 г.