Как ярый борец за политические идеи панэллинизма, энергичный модернист и реформатор, Мелетий начал ряд реформ и повлиял на принятие многочисленных постановлений, имевших весьма трагические последствия. Так, в 1922 г., без предварительного уведомления прочих поместных православных церквей, Синод его патриархии издает энциклику, которой признаёт действительность англиканского рукоположения. Исследователи считают, что важнее всего то, что с 10 мая по 8 июня 1923 г. по инициативе Мелетия в Константинополе состоялся так называемый «Всеправославный конгресс», изначально им поданый как «Комиссия», который вопреки постановлениям соборов 1583, 1587 и 1593 гг., принял решение об изменении календаря православной церкви. На этом съезде (кроме председательствовавшего патриарха Мелетия и делегатов от Константинопольского патриархата) присутствовали представители только четырёх поместных церквей: Греции, Кипра, Румынии и Сербии, тогда как остальные решили не участвовать. Присутствовали также архиепископ Александр (Немоловский), находившийся тогда в невыясненном каноническом положении, и архиепископ Анастасий (Грибановский), сразу высказавшийся против новшеств и вскоре покинувший конгресс. На собрании присутствовал и англиканский епископ Чарльз Гор, который сидел по приглашению Мелетия с правой стороны от него и принимал участие в работе этого конгресса. Помимо вопроса об изменении календаря, рассматривались отказ от фиксированного дня празднования Пасхи, ослабления поста, перенос больших святительских праздников на воскресный день. Решениями конгресса был установлен не только новый календарь, но и позволено вступление в брак после рукоположения в диакона и пресвитера, второй брак священников, стрижка волос и ношение духовенством светской одежды вне храма. По поводу этого собрания архимандрит Иустин (Попович) писал в представлении Архиерейскому собору Сербской церкви от 7 мая 1977 г.: «Вопрос подготовки и проведения нового «Вселенского собора» Православной Церкви не новый и не вчерашний в нашем веке истории Церкви. Этот вопрос поднят ещё во время несчастного Константинопольского Патриарха Мелетия Метаксакиса, известного самонадеянного модерниста, реформатора и творца раскола в Православии, на его так называемом «Всеправославном конгрессе» в Стамбуле 1923 года». Противоречивыми остаются сведения об отношении Мелетия к святителю патриарху Московскому Тихону и обновленцам. С одной стороны, Константинопольский конгресс призвал весь христианский мир способствовать освобождению патриарха Тихона. С другой стороны, в послании обновленческого Синода по поводу избрания Мелетия на Александрийскую кафедру в 1926 г. говорится: «Священный Синод с сердечной признательностью вспоминает о той моральной поддержке, которая была оказана Вашим Блаженством, в бытность Вашего Блаженства Константинопольским Патриархом, Священному Синоду вступлением в каноническое общение с ним как единственно законным органом Русской Православной Церкви». Документы советской Антирелигиозной комиссии показывают, что в глазах советской власти патриарх Мелетий был враждебным ставленником Англии, но к концу его правления, в период де факто изгнания с кафедры, комиссия вновь постаралась привлечь его на сторону советских обновленцев.