Основу монастырского капитала составили 10 тыс. руб., пожертвованные И.И. Малокрошечным и положенные им в опекунский совет в 5-процентных билетах, что давало братии 500 руб. ежегодного дохода. Дополнительно купец выделил 2 тыс. руб. на текущие расходы. Первыми управляющими Муромского Успенского монастыря стали священник Троицкого храма города Пудожа Иоанн Георгиевский и казначей Александрова Ошевенского мужского монастыря иеромонах Феодосий. Во второй половине XIX в. в Муромском Успенском монастыре появляются каменные строения. К 1866 г., ещё до официального открытия обители, на средства И.И. Малокрошечного была достроена каменная одноглавая Успенская церковь с двумя отапливаемыми приделами («в трапезе») – Рождества Иоанна Предтечи и преподобного Иоанна Рыльского, а также с колокольней (на старинном позвонном колоколе имелась надпись: «Лета от мироздания 7016 колокол сей слит при Государе благоверном князе Василии Ивановиче и при преосвященном архиепископе Серапионе повелением игумена Ефрема святому Ивану в дом, а мастер Микита Васильев»). В 1891 г. возвели каменную пятиглавую церковь во имя Всех святых. В 1896 г. в каменном братском корпусе был освящён домовый храм во имя Николая Чудотворца. В роще на братском кладбище «как памятник глубокой древности» сохранялась церковь Воскрешения Лазаря в часовне-«футляре» (1887 г.). К началу ХХ в. в Муромском Успенском монастыре располагались два двухэтажных деревянных дома для братии, каменный корпус с трапезной и настоятельскими покоями (на втором этаже), кухней и просфорней (на первом этаже), каменная кладовая с погребом, вне ограды – гостиница для богомольцев, скотный двор с работной избой, мельница, хозяйственные постройки (Национальный архив Республики Карелия). Братия возрождённой обители стремилась вернуть земельную собственность. По решению Олонецкой палаты уголовного и гражданского суда местным крестьянам, переселившимся на земли монастыря после его упразднения, достались положенные законом 15 десятинных пропорций на человека (5484 десятины 1700 кв. сажён); в пользу монахов отошло 229 десятин; остальные земли остались в единоличном владении казны. Монастырское начальство не признавало права государства на большую часть своих бывших владений. Указом Сената от 21 мая 1887 г. прежнее решение Олонецкой палаты уголовного и гражданского суда отменялось, спорящим сторонам предлагалось договориться о том количестве земли, которое отойдёт каждой из них. В 1898 г. многолетний спор был прекращён. К тому времени в собственность обители перешли 399 десятин 1303 кв. сажён земли, из них 299 десятин леса в урочищах Тетеревиная Гора и Тюля-Нос. Часть пашни (12 десятин 1669 кв. сажён) находилась в чересполосном владении с крестьянами Гакукского прихода, что стало причиной последующих мелких конфликтов с ними. Муромский Успенский монастырь имел рыбные ловли на реке Муромке, при этом лов производился совместно с местными жителями. Своей мельницы на реке Самине монастырь лишился во время весеннего паводка 1867 г., и братия стала возить зерно в Андомскую волость (Национальный архив Республики Карелия). Расцвет Муромского Успенского монастыря в последней четверти XIX – начале ХХ вв. связан с деятельностью настоятеля архимандрит Онисима (Савинова), управлявшего обителью с 1873 г. «Сам из крестьян, умный, весь ушедший в заботы об обители, он очень близко держится к народу и пользуется за то в окрестностях большой популярностью», – отзывались о нём современники.