В 1530 гг. велась тяжба с Палеостровским монастырём из-за земель и рыбных ловель в Унойской губе. Муромские монахи проиграли дело, представив подложную духовную новгородского посадника Панфилия Селифонтова. Межа земельных владений Муромского Успенского монастыря детально описывается в жалованной грамоте 1650 г., полученной строителем Иларионом: от устья реки Андомы на юге и озера Рандозеро по верховьям рек Сормы, Нигижмы, Гакуксы к Тетеревиной Горе на севере. В XVII в. Муромский Успенский монастырь – значительный среди местных обителей земельный собственник: в 1628–1629 гг. – 30 крестьянских и пять бобыльских дворов (всего 70 человек), в 1647 г. –27 крестьянских дворов и три бобыльских двора (всего 63 человека), в 1678 г. – 23 крестьянских двора (105 человек). Сохранились сведения о Муромском Успенском монастыре в писцовых и переписных книгах второй половины XVI – XVII вв. Самое раннее из них содержит писцовая книга 1563 г. Андрея Лихачёва: «В Никольском погосте в Андомском в Юрьеве писме Костянтиновича Сабурова манастырь не писан, а ныне по новому писму на Онеге озере на Муромском острову церковь Успенье пречистые, другая церковь Рожество Ивана Предтечи, да за манастырем третья церковь Лазорь святый на Гробищах, а в манастыри 3 священники да пол-40 старцов». В писцовой книге 1582/1583 г. упоминается «монастырь Муромской на озере на Онеге на Муромском острову», в котором имелись: деревянная Иоанно-Предтеченская церковь с трапезой; «место церковное, что была церковь Успенье Пречистые Богородицы, да за монастырем церковь Лазарь святый»; кельи игумена Зосимы, священника Никона, келаря Иосифа «да 16 келей, а в них живут 35 братов. А церковь Успенье Пречистые и около монастыря ограда згорела». Новый Успенский храм на месте сгоревшего был построен и освящён в 1586 г., при игумене Иоасафе (Иосафате), что следовало из надписи на закладном кресте, хранившемся в обители в XIX в. В 1612/1613 г. Муромский Успенский монастырь был разорён «немецкими и литовскими людскими ворами». В переписных книгах 1628–1631 гг. упоминаются построенные «клецки» Успенский храм, тёплая церковь Рождества Иоанна Предтечи с трапезой, шатровая колокольня («колокол в 20 пудов, другой в 16 пудов, третий в 12 пудов, колокол в 6 пудов, два колокола зазвонных в 2 пуда»), 13 братских келий, хозяйственные службы, за оградой – конюшенный и коровий дворы, «да под монастырем пашни паханой 4 чети с осьминою в поле, а в дву потому ж, а пашут на монастырь служки и детеныши. Да за монастырем же, за полем церковь во имя Лазарево воскресение, древяна, клецки… И всего Муромского монастыря в отчине 8 деревень живущих да 2 пустоши». В 1673 г. была возведена новая Иоанно-Предтеченская церковь, в 1686 г. – Успенский храм. В 1700 г. за Муромским Успенским монастырём числились 23 крестьянских двора. По данным переписных книг 1628–1631 гг., монастырская библиотека насчитывала около сорока рукописных книг, из которых, по крайней мере, пять сохранились в собраниях Библиотеки Академии Наук, Российской государственной библиотеки и Национальном архиве Республики Карелия. В середине 1680 гг. Муромский Успенский монастырь был преобразован в женский. После челобитных игуменьи Неониллы Новгородский митрополит Корнилий переселил в обитель стариц из Ильинского монастыря Шунгского погоста, которые, по их словам, подвергались притеснениям со стороны местного приходского духовенства. Муромские монахи были переведены в Палеостровский монастырь.