В XVI в., при игумене Ефреме, монастырь получил ружное содержание на 37 старцев: «В Муромский монастырь Успения Пречистые Богородицы да Иоанна Предтечи на Онеге озере идет милостыни игумену Офрему да старцам тридцати семи человеком идет по три рубля и по три деньги, да по пуду с четью меду, по пуду с четью воска, а деньгами за мед и за воск по два рубли. И всего милостыни и за мед и за воск пять рублев три деньги». Монастырская вотчина начала складываться в период независимости Новгородской земли. В краткой редакции Жития приводится грамота новгородского посадника Славенского конца (одного из пяти районов Новгорода) Ивана Захарьевича на «остров Муч со всею землею и озеро Муромское». Документ интерпретируется и датируется исследователями по-разному. Согласно традиционному мнению, это духовная Ивана Захарьевича Фомина, переданная преподобному Лазарю сыном умершего посадника Феодором. Из-за хронологических и прочих несоответствий в тексте принято считать грамоту подложной и датировать её только второй половиной XVII в. Появление поддельного документа исследователи связывают с длительной земельной тяжбой Муромского Успенского монастыря с Корнилиевым Палеостровским в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырём. По другому мнению, данная грамота не фальсификат, а подлинный акт 1450 гг., который «подтверждает ранее совершенную монастырскую купчую XIV в. и передаёт эти земли монастырю уже на безвозмездной основе». Исследователи предполагают, что «остров Муч» преподобному Лазарю продал в середине XIV в. новгородский посадник Есиф Захарьевич, а его внук, тоже новгородский посадник, Иван Фомин подтвердил покупку земли вкладной грамотой, выданной преподобному Афанасию Муромскому в середине XV в. Имя Ивана Захарьевича появилось в тексте Жития из-за ошибки его автора или редакторов. Согласно писцовой книге Заонежской половины Обонежской пятины 1563 г., ближайшими к обители землями на Муромском полуострове владели новгородские вотчинники Оксинья Микитина и Иван Патрикеев. Из трёх деревень, стоявших на Муромском Носу, только одна, Родионовская, в конце XV в. принадлежала братии. После присоединения Новгорода к Москве все поселения Муромского полуострова вместе с угодьями вошли в вотчину Муромского Успенского монастыря, первоначально на условиях оброчного содержания, как полагают исследователи, в связи с запустением. В 1582/1583 г., как явствует из писцовой книги, монастырская вотчина включала семь деревень на реке Гакуксе, на реке Андоме и на Муромском полуострове, две пустоши (Борисовская и Тетеревиная Гора). Основная часть земельных владений Муромского Успенского монастыря располагалась в Гакукской волости (Андомский погост). Писцами фиксируется единичное поселение на реке Андоме, а также земли и рыбные ловли в Унойской губе Онежского озера. По сведениям Карпа Андреевича Докучаева-Баскова, в первой четверти XVII в. некий Фёдор Иванович Морозов пожаловал монастырю две деревни и пустошь в Спасском Шальском погосте. В переписной книге 1647 г. зафиксировано восемь монастырских деревень: две – в Шальском погосте в Унойской губе, пять – в Гакукской волости и одна на реке Андоме. Исследователи полагают, что границы владений Муромского Успенского монастыря в XVI – первой половине XVII вв. не были чётко установлены, что стало причиной продолжительных земельных споров монастырских крестьян с жителями смежных волостей, в частности, Нигижемской.