Марсилий Падуанский считал, что всё церковное имущество принадлежит светским властям; светские правители могут смещать и наказывать клириков, в том числе и папу Римского; апостол Пётр не был главой христианской церкви, потому что Иисус Христос не оставил наследников (поэтому Римские епископы как преемники апостола Петра не могут претендовать на вселенскую духовную власть); все клирики (священники, епископы и папа Римский) являются равными наследниками Христа, а их существующее неравенство – результат действий светской власти; духовное лицо (в том числе и папа Римский) не может налагать мирские наказания и вершить светский суд. Уже после публикации буллы «Licet juxta doctrinam» современники порицали Марсилия Падуанского за то, что он считал наследником апостола Петра не папу Римского, а епископа Антиохии, поскольку апостол Пётр основал там епископскую кафедру раньше, чем в Риме (впрочем, Марсилий Падуанский не признавал власти над всей церковью и за епископом Антиохии), а также за то, что он не признавал каноническое право. Папа Климент VI публично заявлял, что нашёл у Марсилия Падуанского 240 еретических заблуждений (этот список не сохранился). Марсилий Падуанский утверждал, что церковь представляет собой «корпорацию верующих» («universitas fidelium»), членами которой являются все верующие, как клирики, так и миряне. Священники обладают двойным статусом. Во-первых, они – члены гражданских сообществ (империи, королевства, города), и в этой ипостаси их функции совпадают с задачами языческих жрецов в древнегреческих полисах: они должны сохранять порядок в нравственной сфере, которая не поддаётся регламентированию человеческими законами. При этом светские власти могут делегировать священникам часть своих полномочий и устанавливать среди них иерархию. Во-вторых, священники – наследники апостолов, таинством рукоположения они получают власть, даруемую Иисусом Христом. С помощью этой власти священник может направить христианина к спасению и уберечь от вечной погибели. Однако эта власть не является принуждающей, и в ней все священники (от простого каноника до Римского папы) равны: «Принципат или принуждающую юрисдикцию над каким-либо клириком или мирянином, даже будь он еретиком, ни один епископ или священник… иметь не может». Таким образом, Марсилий Падуанский полагал, что современная церковная иерархия установлена людьми и может быть упразднена. По мнению Марсилия Падуанского, церковь должна сохранять единство в вопросах толкования Священного Писания и богослужения, для чего необходимо созывать Вселенские Соборы. В своё время именно Вселенские Соборы установили неравенство священников и епископов для поддержания порядка в общении верующих. Однако соборные решения – лишь рекомендации, которые могут стать законами только по воле светских властей (так, исполнением постановлений первых Вселенских Соборов в Римской империи занимались императоры). Но и в этом случае подобные законы будут человеческими (их неисполнение грозит земным наказанием), а не божественными (их неисполнение грозит наказанием после смерти), поскольку божественный закон полностью выражен в тексте Священного Писания. Марсилий Падуанский полагал, что современное ему устройство католической церкви уже давно нарушает божественный закон.