До самой смерти Марсилия Падуанского понтифики постоянно требовали от императора выдать его. Марсилий Падуанский сохранял высокое положение при дворе Людовика IV Баварского, где, как полагают исследователи, познакомился с Уильямом Оккамом, отлучённым от церкви и бежавшим из Авиньона к императору вместе с другими францисканцами-спиритуалами. Точная дата и место смерти Марсилия Падуанского исследователям неизвестны, однако 10 апреля 1343 г. папа Римский Климент VI публично объявил, что Марсилий Падуанский скончался нераскаявшимся. Трактат «Защитник мира» (1324 г.) долгое время считался написанным в соавторстве с Жаном де Жандёном (к настоящему времени это предположение опровергнуто). Сочинение представляет собой схоластический трактат из трёх частей (diccio). В начале произведения автор заявляет, что наиболее полное исследование человеческого общества было сделано Аристотелем, хотя им так и не была проанализирована одна из главных причин отсутствия мира – притязания церкви на светскую власть. Первая часть сочинения Марсилия Падуанского посвящена исследованию светской власти, т.е. земных форм человеческого общежития. Во второй части автор излагает свои представления о церкви, о её «правильной» структуре и функционировании, указывает на недостатки, характерные для существующей церковной организации, и предлагает программу реформ. В третьей части содержатся краткие выводы ко всему произведению. В XIV–XV вв. сочинение «Защитник мира» получило широкое распространение, сохранились его многочисленные рукописи. В середине XIV в. трактат был переведён с латыни на французский язык (в 1375 г. на теологическом факультете Парижского университета по поручению папы Григория XI был начат следственный процесс, чтобы обличить переводчика) и на флорентийский диалект. Идеи, изложенные в произведении Марсилия Падуанского, обрели новое значение в XVI в., когда трактат был воспринят как провозвестие Реформации. В 1522 г. сторонники Мартина Лютера в Базеле подготовили первое издание «Защитника мира». В 1592 г. нидерландский кальвинист Франциск Гомар посвятил новое издание трактата французском королю Генриху IV и пфальцграфу Фридриху IV, выразив надежду, что изложенные в сочинении идеи будут использованы для реформирования светской и духовной властей. В XVI–XVII вв. сочинение выдержало девять изданий на латыни, а также было переведено на английский (1533 г., опубликовано в 1535 г.) и немецкий (1545 г.) языки. В XX в. появились научные издания трактата на многих европейских языках. В 2014 г. вышел первый полный перевод сочинения на русский язык, выполненный не с оригинала, а с французского перевода, что предопределило ошибки и неточности. Другие сохранившиеся тексты Марсилия Падуанского обычно называются «малыми политическими трудами». Все они были написаны после «Защитника мира» и в той или иной мере развивают идеи, заложенные в этом трактате. Трактат «О переносе империи» («De translatione imperii» (дата написания остаётся дискуссионной)) полностью основан на сочинении Ландульфа Колонны с аналогичным названием, написанном между 1317 и 1324 гг. Ландульф Колонна превозносил роль Римских понтификов в «переносе» («translatio») империи от одного народа к другому.