В своём трактате Марсилий Падуанский, заимствуя иногда обширные куски из текста Ландульфа Колонны, трактует те же события с противоположной точки зрения, подчёркивая неучастие церкви в этом процессе. Трактат «О юрисдикции императора в брачных делах» («De iurisdictione imperatoris in causis matrimonialibus») – полемический труд, написанный в 1341 г. и посвящённый конфликту Людовика IV Баварского с папой Римским Бенедиктом XII. Император хотел женить старшего сына Людвига IV Баварского на Маргарите Маульташ, дочери герцога Каринтии и графа Тироля. Однако невеста не смогла добиться безупречного с позиций канонического права развода с первым мужем, а кроме того, состояла в кровном родстве с женихом. Это стало причиной попыток понтифика воспрепятствовать бракосочетанию, которое всё же состоялось в 1342 г. Труд Марсилия Падуанского имел целью доказать независимость императора в брачных вопросах от власти папы. Трактат с аналогичным названием в это же время написал Уильям Оккам. Сочинение «Младший защитник» («Defensor minor») было создано Марсилием Падуанским незадолго до смерти (в 1341–1343 гг.) как своеобразное дополнение к трактату «Защитник мира» и его оправдание. Исследователи полагают, что трактат появился как ответ на критику экклезиологии Марсилия Падуанского со стороны его противников, выступавших в защиту Папского престола. Под влиянием Аристотеля Марсилий Падуанский признавал четыре вида причин (материальные, формальные, целевые и действующие), а также два их качественных состояния (первичные и вторичные). Почти все современные ему авторы, писавшие о власти, концентрировались на целевой первичной причине всякого явления (так, для католического святого Фомы Аквинского целевая причина земной власти – лучшая форма правления), Марсилий Падуанский в своих рассуждениях делал акцент на непосредственной (вторичной) действующей причине (непосредственная действующая причина земной власти – совокупность граждан). Такой подход в целом был аналогичен стратегии средневековой медицины. Для Марсилия Падуанского существовали три чётко отделённые друг от друга сферы жизни: естественная, присущая всему живому; гражданская, присущая всем людям; вечная, присущая только христианам. Для каждой сферы он определял категории блага и зла: благо состоит в балансе (баланс элементов в организме – это здоровье; баланс человеческих действий в человеческом обществе – это благая жизнь, т.е. мир), а зло – в отсутствии баланса (в этом исследователи также видят влияние средневековой медицины). Две высшие сферы жизни регулируются законами. Человеческие (гражданские) законы (lex humana) устанавливаются людьми как стандарт справедливости для сохранения мира внутри сообществ. Объектом регулирования законов являются, по мнению Марсилия Падуанского, только те человеческие действия, которые влияют на других людей. Таким образом, по человеческому закону нельзя судить человека за невысказанные им мысли. Под «человеческими законами» Марсилий Падуанский понимал не только записанный законодательный акт, но и обычаи, постановления, всенародные решения и папские декреталии. В каждом человеческом законе установлена санкция за его неисполнение, она всегда носит земной характер, т.е. наказанием за нарушение человеческого закона не могут быть муки ада после смерти.