Рукописи, хранящиеся в Матенадаране, тематически разделены на следующие группы: книги Священного Писания (все книги Библии, отдельные книги, Евангелия), комментарии к Священному Писанию и исагогические пролегомены к книгам Библии, церковно-догматическая и литургическая литература, армянская историография, география, грамматика, философия, средневековые правовые памятники («Книга канонов» и «Судебник»), медицина, математика, астрономия, астрология, музыка, художественная проза и поэзия, эзотерическая литература (мантика), театр, архивные документы, рукописная орнаментика и миниатюры. Армянские рукописи Матенадарана содержат также переводы трудов некоторых античных, эллинистических и христианских греческих авторов (среди них есть произведения, сохранившиеся только в армянском переводе). Для изучения и текстологического анализа этих работ большое значение имеют произведения и комментарии армянских авторов V–VII вв., особенно представителей так называемо грекофильской школы. Многие тексты незаменимы при критическом издании оригиналов этих сочинений. Также в армянских рукописях сохранилось значительное число переводов различных памятников сирийской литературы. Многие рукописи, хранящиеся в Матенадаране, представляют большую художественную ценность. В настоящее время наиболее древней сохранившейся до настоящего времени армянской рукописью, точно датированной по её колофону, считается Евангелие царицы Млке, написанное в 862 г. классическим маюскулом. Рукопись хранится в армянской Конгрегации мхитаристов в Венеции. Вторая по древности армянская рукопись «Лазаревское Евангелие» (887 г.) находится в Матенадаране. Одной из наиболее ранних рукописей является также «Евангелие Вехамор», которое не имеет установленной даты, но стиль его письма характерен для VII–VIII вв. («Вехамор» – непереводимый одним словом термин, буквально означающий «Евангелие матери Его Святейшества»). Название этой рукописи связано с тем, что в 1976 г. она была подарена Матенадарану католикосом Вазгеном I в память о своей матери. До XI в. армянские рукописи, в основном, писали на пергамене; затем начали широко распространяться и бумажные книги. Наиболее ранняя бумажная рукопись датирована 981 г. Она также была подарена Матенадарану Вазгеном I и названа «Евангелие Вехапара» (букв. «Евангелие Его Святейшества»). В этот рукописный сборник включены экзегетические, богословские, исторические, географические, математические и другие материалы. В числе древних рукописей Матенадарана исследователи особо отмечают Эчмиадзинское Евангелие 989 г., которое было написано в монастыре Нораванк (область Сюник) и хранилось в Эчмиадзине. Переплёт рукописи состоит из двух створок, сделанных из слоновой кости, каждая из них имеет размер 35,5×29,5 см. Створка рукописи состоит из пяти пластин слоновой кости, на которых изображены различные эпизоды из жизни Иисуса Христа. Переплёт этой рукописи имеет визуальное и стилистическое сходство с переплётом «Четвероевангелия Равулы» (конец VI в.). В конце рукописи добавлены четыре миниатюры, датируемые VII в. Считается, что и переплёт, и миниатюры некогда принадлежали более древней рукописи.