Таковы, например, сведения историка Киракоса Гандзакеци о рукописных коллекциях Санаинского и Ахпатского монастырей, спрятанных во время нашествий 1105 и 1151 гг. В результате долгого пребывания в неблагоприятных условиях рукописи иногда портились, как это случилось с истлевшими и окаменевшими рукописями вышеназванных монастырей, которые были обнаружены в пещерах лишь в конце XVIII в. Более того, чтобы спасти рукопись, люди часто рисковали жизнью и жизнью близких. Такова история «Мушского Гомилиария». Рукопись была создана в 1201–1202 гг. в Ерзнке, а потом хранилась в Муше, в монастыре святых Апостолов. В 1204 г. она попала в руки сельджуков, но была выкуплена за огромную цену. В 1915 г., во время геноцида армян, рукопись спасли две женщины, разделив её на две части. Они обернули себя её листами и вывезли под одеждой с большим риском для жизни и своей, и окружающих, поскольку турки объявили о неминуемой расправе с теми, у кого найдут рукопись. Одна из женщин погибла, не дойдя до Эчмиадзина, и перед смертью попросила оказавшегося поблизости русского офицера доставить половину манускрипта в матенадаран. Сегодня этот уникальный манускрипт хранится в Матенадаране. Исследователи отмечают, деятельность армянских благотворителей и купцов, обогативших Матенадаран рукописями. Современный научно-исследовательский центр Матенадаран является преемником Эчмиадзинского депозитария-библиотеки, история которого прослеживается с XV в. В 1441 г. престол Католикоса всех армян был возвращён из Киликии в Вагаршапат-Эчмиадзин, и с этого времени здесь формируется библиотека католикосата, и открыт центр по работе с рукописями. Здесь создают, копируют и собирают многочисленные рукописи из различных монастырей Армении. С 1630 гг., когда католикосат Эчмиадзина вновь переживал расцвет, Матенадаран стал самым крупным хранилищем рукописей. Первое ответственное лицо эчмиадзинского Матенадарана, чьё имя известно исследователям, – диакон Нерсес. В одной из рукописей Эчмиадзина (1662 г.) сохранилась его запись, в которой он называет себя «хранителем рукописей и писцом этого кодекса». В колофоне, датируемом 1714 г., эчмиадзинский Матенадаран назван «библиотекой при католикосате». Матенадаран в значительной мере пострадал в результате Русско-персидских войн в начале XIX в. После присоединения Восточной Армении к России (1829 г.) вместе с Эчмиадзином библиотека католикосата пережила подъём, и стала основанием современной коллекции Матенадарана. В 1828 г. в Эчмиадзине хранилось 1809 рукописей, в 1837 г. – 2740; в 1868 г. – 2823, к 1915 г. – 4660 рукописей. 3 февраля 1915 г., во время Первой мировой войны, из-за угрозы возможного турецкого наступления, чтобы обеспечить сохранность имущества, все ценности Эчмиадзина, включая собрание Матенадарана, в 140 ящиках были перевезены в Москву и хранились в армянской церкви Воздвижения Святого Креста. В этот же период благодаря успешным военным действиям русской армии из разрушенных и разграбленных монастырей Западной Армении в Матенадаран было перевезено 1477 манускриптов, коллекция Матенадарана достигла 6137 единиц хранения.