Оппозицию протопопу создал слуцкий протестантский пастор Андрей Добрянский (протестантам было невыгодно объединение униатов и православных), который жаловался на то, что Андрей Мужиловский запрещал своим прихожанам посещать кальвинистский молитвенный дом. Претензии к Андрею Мужиловскому предъявлял слуцкий урядник С. Бучинский, архимандрит Михаил (Загоровский) написал Константину Радзивиллу о самовольном отъезде Андрея Мужиловского на Собор в Киев. Константин Радзивилл послал вместе с Андреем Мужиловским в Киев Г. Куницкого, который должен был контролировать протопопа, в частности, предупредить его возможный переход на сторону униатов. О раздражении Константина Радзивилла против Андрея Мужиловского исследователям позволяет судить текст инструкций Г. Куницкому от 30 июня 1629 г. Константин Радзивилл выражал недовольство тем, что Андрей Мужиловский «без нашего разрешения неизвестно зачем поехал в Киев». Г. Куницкому предписывалось в случае его нежелательных действий «решительно этому препятствовать». Князь также позаботился, чтобы никто из слуцкого духовенства не поехал на объединительный Собор во Львов. Из реляции Адама Григорьевича Киселя исследователям известно, что Андрей Мужиловский на Соборе в Киеве ничем не отличился. Однако в Слуцке его противники распространили слухи о его отступничестве от православия. 23 сентября 1629 г. митрополит написал письмо Слуцкому братству, в котором засвидетельствовал приверженность Андрея Мужиловского православной вере. Вернувшись из Киева, Андрей Мужиловский привёз письма Константину Радзивиллу от Иова (Борецкого), которые должны были успокоить князя, но из-за потери доверия Константин Радзивилл уже не поручал Андрею Мужиловскому какие-либо дела в Киеве. После смерти митрополита Иова (Борецкого) 2(12) марта 1631 г. быстро распространились известия о том, что Андрей Мужиловский является кандидатом на Киевскую кафедру. Такие слухи вызвали беспокойство в Варшаве вследствие антиуниатской позиции Андрея Мужиловского и его связей с казачеством. 23 июня 1631 г. король Сигизмунд III в письме киевскому воеводе Янушу Тышкевичу приказал сделать всё возможное, чтобы помешать поставлению на кафедру Андрея Мужиловского. Киевским митрополитом стал Исаия (Копинский), известный своими контактами с Россией. Андрей Мужиловский принял постриг с именем Анатолий в Киево-Печерском монастыре. Причины такого поступка исследователям неизвестны, исследователи полагают, что Андрей Мужиловский не оставлял надежды на получение епископского сана. Уже как монах он вёл активную церковную и политическую деятельность. 20 сентября 1631 г. монах Анатолий написал письмо патриарху Московскому и всея Руси Филарету. Письмо было связано с поездкой в Киев русского гонца Г. Гладкого, который должен был добиться передачи Войску Запорожскому грамот восточных патриархов с призывом к казакам перейти под власть царя Михаила Фёдоровича. Монах Анатолий обещал Г. Гладкому грамоты, оказавшиеся у Петра (Могилы), «вырвати и запорожским черкасом отдати». Это же он обещал и патриарху Филарету в письме от 20 сентября (подписался как «новоначальный инок»). Называя Филарета патриархом «всея Росии» и «моим» пастырем, Анатолий писал, что, выполняя «остатнее повеление» Иова (Борецкого), который «под проклятием» приказал ему предостеречь о враждебных планах Речи Посполитой по отношению к Русскому государству, он сообщает о таких планах. Он выражал просьбу, чтобы патриарх, как «непоколебимый столп благочестия», его «патриаршеским благословением обослал».