В трактате Никола Мальбранш предложил интерпретацию ряда важных тем августиновской теологии, связанных с проблемами свободы воли, греха, благодати, предопределения и спасения. Очерк этического учения Никола Мальбранш представил в «Трактате о морали» («Traité de morale», 1684 г.), где в качестве двух основных областей этики были выделены учение о добродетели и учение об обязанностях. Пример использования Мальбраншем принципов собственной философско-теологической системы для задач христианской апологетики и доказательства религиозного преимущества христианства в сравнении с другими религиями представлен в сочинении «Беседа христианского философа с китайским философом о бытии и природе Бога» («Entretien d'un philosophe chrétien et d'un philosophe chinois sur l'existence et la nature de Dieu», 1708 г.; русский перевод: «Беседа христианского философа с философом китайским о бытии и природе Божества». 1914 г.). В целях прояснения и защиты собственных идей Мальбранш был вынужден вести письменную полемику со многими ведущими французскими теологами и философами XVII в. Наиболее продолжительной и разнообразной по содержанию была его полемика с Антуаном Арно (1612–1694 гг.), приверженцем янсенизма и сторонником августинизма. В число литературных оппонентов Мальбранша входили также сторонник классического скептицизма Симон Фуше (1644–1696 гг.), теолог-иезуит Луи Ле Валуа (1639–1700 гг.), картезианец Пьер Сильвен Режи (1632–1707 гг.) и др. Кульминацией идейного противостояния между Мальбраншем и враждебными по отношению к картезианству представителями католической церкви стало внесение в 1689 и 1712 гг. его основных сочинений в «Индекс запрещённых книг». Хотя бо́льшую часть времени Никола Мальбранш уделял чтению и работе над философскими сочинениями, он добросовестно исполнял обязанности члена конгрегации. После вступления в Ораторию Мальбранш лишь несколько раз покидал Париж на непродолжительное время, исполняя поручения руководства конгрегации как проповедник, или отвечал на приглашения друзей из среды духовенства и аристократов. Хотя Никола Мальбранш не бывал при дворе, его посещали в Париже многие влиятельные лица, нередко оказывавшие ему покровительство и защищавшие его от враждебных нападок противников. Никола Мальбранш вёл переписку с выдающимися философами, теологами и учёными своего времени (сохранилась лишь малая часть писем). В число корреспондентов Мальбранша входили Готфрид Вильгельм Лейбниц (1646–1716 гг.), Пьер Бейль (1647–1706 гг.), Франсуа Лами (1636–1711) и др., а также его наиболее близкие друзья из среды католического духовенства – П. Берран и Ив Мари Андре (1675–1764 гг.). Как и многие интеллектуалы XVII в., Никола Мальбранш стремился совместить занятия философией с исследованиями в сфере точных и естественных наук. Его научные публикации получали высокую оценку европейских учёных. Признанием научных достижений Мальбранша стало избрание его в 1699 г. членом французской Академии наук. Никола Мальбранш принимал активное участие в работе Академии, почти не пропускал её заседаний, проявлял живой интерес к достижениям европейской науки. В июне 1715 г. его здоровье резко ухудшилось; Никола Мальбранш скончался после нескольких месяцев болезни и был погребён без надгробной плиты в одной из капелл церкви Оратории (ныне протестантская церковь Оратория Лувра).