В 1660 гг., после внесения сочинений Рене Декарта католической церковью в «Индекс запрещённых книг» и наложенного французским королём Людовиком XIV (1643–1715 гг.) запрета на преподавание философии Рене Декарта в пределах Франции, руководство Оратории направило в коллежи циркуляр, предписывавший профессорам преподавать обычную и общую философию, т.е. схоластический аристотелизм. Несмотря на официальное осуждение идей Рене Декарта, Никола Мальбранш продолжал публиковать проникнутые духом картезианской философии сочинения, сохраняя верность избранному им философскому основанию. Наиболее значительные труды Мальбранша были изданы в 1670–1680 гг. В 1674–1675 гг. вышли два тома сочинения «О разыскании истины» («De la recherche de la vérité»; русский перевод: «Разыскания истины». 1999 г.), посвящённого, главным образом, проблемам методологии процесса познания. Ответы Мальбранша на многочисленные замечания критиков были изданы в 1678 г. под общим названием «Объяснения» («Eclaircissements») и составили третий том сочинения; в последующих изданиях присоединялись другие дополнительные материалы и пояснения, вследствие чего последнее прижизненное издание трактата, считающееся наиболее полным и отражающее поздние мнения Мальбранша, вышло в 1712 г. в четырёх томах (научное издание дополнений на русский язык не переводились). Исследователи отмечают, что основной текст сочинения разделён на шесть книг, в которых последовательно рассматриваются способности человеческого духа: чувства, воображение, разум, природные движения, страсти. Никола Мальбранш объяснял их значение на пути приобретения истинного знания и ту роль, которую они могут играть при неправильном использовании, становясь источниками заблуждений. Наряду с метафизическими и методологическими концепциями Рене Декарта Никола Мальбранш как в этом, так и в других позднейших сочинениях широко использовал идеи Гиппонского епископа Августина Блаженного, что позволяло ему ставить и решать выходившие за рамки традиционной картезианской философии метафизические и теологические проблемы, предлагая оригинальный синтез классического теологического спиритуализма Августина Блаженного с новым философским спиритуализмом Рене Декарта. Последующие произведения Мальбранша по большей части имеют смешанный философско-теологический характер. В сочинениях «Христианские беседы» («Conversations chrétiennes», 1677 г., «Христианские размышления» («Méditations chrétiennes», 1683 г.; расширенное издание под названием «Христианские и метафизические размышления», 1699 г.), «Беседы о метафизике и о религии» («Entretiens sur la métaphysique et sur la religion», 1688 г.) Никола Мальбранш предлагал последовательное изложение основных истин христианства, используя понятийный язык философии Рене Декарта. В более узких по тематике произведениях Мальбранш исследовал отдельные вопросы религиозной метафизики и философии. Например, широко обсуждавшийся современниками «Трактат о природе и благодати» («Traité de la nature et de la grâce», 1680 г.) содержит учение о благодати, разработанное Мальбраншем в контексте отстаиваемой им метафизики.