На средства губернского предводителя дворянства Семёна Алексеевича Викулина была изготовлена кипарисовая рака с серебряной крышкой, на которой помещалось ростовое изображение Митрофана. Средоточием торжеств, помимо поднятия святых мощей, стал большой крестный ход из Благовещенского собора в Архангельский, в котором участвовало всё городское духовенство. Он дал возможность всем богомольцам, не попавшим в собор, участвовать в событии. На литургии состоялось внесение нетленных мощей святого через царские врата в алтарь и поставление их на горнем месте. По наблюдению Евгения Евстигнеевича Голубинского, эта церемония, введённая во все последующие канонизационные торжества (святителей Тихона Задонского, Феодосия Черниговского, Иоанна Тобольского), здесь была проведена впервые и, скорее всего, была заимствована из чина погребения патриархов. Во время торжеств не обошлось без недоразумений: одно было связано с решением архиепископа Григория поставить мощи в Архангельском храме (т.к. в кафедральном Благовещенском соборе проводился ремонт), другое – с опозданием на прославление камергера императорского двора Гавриила Гавриловича Бибикова, командированного министром внутренних дел для устроения «приличного церемониала». После отслуженного по случаю приезда чиновника праздничного молебна перед мощами Митрофана Антоний (Смирницкий) вручил Г.Г. Бибикову иконы и поздравительное письмо для передачи государю и членам царской семьи. В августе 1832 г. в Кабинете императора был изготовлен покров «из золотой парчи с золотыми гасами и четырьмя такими же кистями» на мощи Митрофана, который был получен Антонием (Смирницким) 7 сентября. Через сорок дней после открытия мощей Митрофана им поклонился император Николай I, в последующие годы – наследник, императрица, вторично государь с наследником (в 1837 г.), другие представители царского дома. В конце XIX в. в ризнице Митрофанова монастыря хранились два покрова (пожалованный императором и собственноручно возложенный императрицей), ковёр к подножию раки святителя, пожертвованный великой княгиней Марией Николаевной (Институт истории материальной культуры РАН). Через год после торжеств, в день рождения императора (25 июня 1833 г.),мощи Митрофана были с тем же «церемониалом» перенесены из Архангельского (в честь Чуда архангела Михаила в Хонех) собора в Благовещенский после завершения там ремонта. В ноябре 1833 г. они были переложены в новую серебряную позолоченную раку, заказанную воронежскими купцами в Москве на заводе Николая Даниловича Полтавцева. По сохранившимся описаниям, на крышке раки был образ Митрофана в раме с «широким арабеском, по углам снопы». На передней стороне был помещён барельеф с композицией погребения святителя, включающий царя Петра I, несущего гроб, с сановниками. Вверху находились фигуры ангелов, поддерживавших края раки, а также архиерейские регалии. После канонизации Митрофана были зафиксированы исцеления О.М. Роде, Ф. Гаранжиной, Е. Андреевской, Г. Граве, священника Никифора Круковского и др. Чудо с дворянкой Ольгой Васильевной Азанчевской, воспитанницей Смольного монастыря, в подробностях описано в письме генеральши Ефимовичевой помещику М.Н. Семичеву 1834 г. (копия письма в Российской национальной библиотеке,  и в Санкт-Петербургской духовной академии). Однако известны и случаи мнимых чудес, как с дворовой девушкой В. Николаевой (Российский государственный исторический архив).