После краткой биографии святителя в рукописи следует текст 11 чудес, которые произошли у места погребения Митрофана, и от его мантии – автографы самих исцелённых и их родственников (в той же последовательности с добавлением ещё три, чудеса описаны в приложении к докладу П.С. Мещерского императору Николаю I – Российский государственный исторический архив). «Записка...» была послана в Синод в феврале 1832 г., причём Антоний (Смирницкий) объяснил сравнительно небольшое количество исцелений, описанных в ней, тем, что он «всячески старался о сем не разглашать, а тех только допускал ко внесению исцелений в книгу, которые сами приходили и убедительно просили о сем» (Российский государственный исторический архив). В 1831 г. в Санкт-Петербурге тайная полиция занималась историей видения Митрофана дворянке М.Я. Яковлевой, когда ей некий монах приказал довести до сведения государя о свяых мощах Митрофана в Воронеже, ибо «Синод оным пренебрег…, и когда мощи упомянутого святителя откроются, то холера в России прекратится, а если оныя не откроют, то и государь не избегнет таковой же смерти…» (Государственный архив Российской Федерации; Российский государственный исторический архив). Кардинальным образом ситуация изменилась после обретения в конце 1831 г. нетленных мощей Митрофана во время ремонта пола в Благовещенском соборе. Об этом Антоний (Смирницкий) доложил обер-прокурору П.С. Мещерскому в письме от 18 декабря 1831 г., отметив, что тело Митрофана сохранилось в том же виде, что и мощи Киево-Печерских святых (Российский государственный исторический архив). Открытие мощей Митрофана было истолковано как важное государственное событие, знак «благословения Божия на мудрое и благотворное царствование» императора Николая I Павловича – потомка и преемника императора Петра I, современника Митрофана. Освидетельствование останков было проведено в соответствии с предписаниями «Духовного регламента» негласно 18–19 апреля 1832 г. В состав утверждённой императором комиссии вошли архиепископ Рязанский и Зарайский Евгений (Казанцев), епископ Воронежский и Задонский Антоний (Смирницкий), архимандрит Спасо-Андроникова монастыря Ермоген (Сперанский) и несколько священников воронежского Благовещенского собора. Сохранились рукописные копии «Освидетельствования тела преосвященного Митрофана, первого епископа Воронежского...», в том числе включённая в доклад Синода императору (Российский государственный исторический архив, Российская национальная библиотека). В тексте подробно описано состояние тела Митрофана и подтверждается его нетление. Затем были допрошены под присягой очевидцы, и зафиксированы случаи исцелений и чудес по молитвам Митрофану: «...По надлежащем увещании до ста человек дворянскаго, купеческаго и податнаго состояния, испытавших на себе, или имевших возможность близко наблюдать чудесные действия…» (Российский государственный исторический архив). В письме Антония (Смирницкого) указано, что комиссией было рассмотрено 28 чудес, происшедших с жителями Воронежа и его окрестностей; удовлетворённые делегаты Синода уехали, не дожидаясь приезда людей из других губерний, готовых также рассказать о чудесах Митрофана (Российский государственный исторический архив).