В тот же день из Третьяковской галереи в собор на два дня была доставлена Владимирская икона Божьей Матери. В 1995–2000 гг. прошла капитальная реставрация собора. В 1997 г. в монастыре был создан Российский центр по изучению Туринской плащаницы. 9–10 мая 1999 г. в Московском Сретенском монастыре состоялось прославление священномученика Илариона (Троицкого). С 1994 г. при монастыре действует издательство, выпускающее святоотеческие творения, Жития святых и подвижников благочестия, богослужебные книги, историческую, просветительскую и художественную литературу. В январе 2000 г. при издательстве была создана редакция интернет-сайта «Православие.ru», ставшего одним из ведущих среди православных интернет-изданий. У монастыря есть скит во имя преподобного Серафима Саровского, расположенный в Рязанской области, на месте восстановленной обителью усадьбы Красное, принадлежавшей некогда генералу Алексею Петровичу Ермолову. В скиту находится монастырское кладбище. Недалеко от скита, в деревне Слободка, находится сельскохозяйственный кооператив «Воскресение», который создан на месте разрушенного колхоза. Осенью 1999 г. начались занятия в Сретенском высшем православном училище, которое решением Синода от 17 июля 2001 г. переименовано в Сретенскую духовную семинарию. В 2010 г. здание располагавшейся на исторической территории обители школы было передано монастырю, в 2013 г. оно было перестроено, и в нём разместилась Сретенская духовная семинария – высшее учебное заведение Московского патриархата, готовившее священнослужителей РПЦ. С 2011 г. в семинарии был открыт набор на обучение по программе бакалавриата, а в 2012 г. – магистратуры. К 2017 г. Сретенская духовная семинария подготовила около 320 выпускников, обучавшихся по программам бакалавриата и магистратуры. Большое внимание в обители уделяется служению милосердия. Так, в 1999 г. её усилиями было собрано 40 т гуманитарной помощи для военнослужащих и жителей Чечни. С 2003 г. монастырь взял на попечение школу-интернат города Михайлова Рязанской области, где воспитываются около сотни детей-сирот и детей из неполных и неблагополучных семей. Студенты семинарии по традиции организовывают регулярные поездки к воспитанникам школы-интерната, занимаются подготовкой к церковным праздникам, проводят просветительские мероприятия. При Московском Сретенском монастыре существует воскресная школа, а также проводится работа с молодёжью. Группа «Сретенская молодёжь», объединяющая больше 60 человек, при поддержке обители посещает учащихся Михайловского экономического колледжа-интерната (МЭКИ), участвует в проекте «Общее дело: возрождение деревянных храмов Севера».