Весь монастырский комплекс сильно пострадал во время Великой Отечественной войны. В 1970–1976 гг. восстанавливались стены и башни, собор был выведен из аварийного состояния. В 1991 г. Малоярославецкий монастырь был возвращён церкви, а в 1993 г. преобразован в женский монастырь, его настоятельницей была назначена игуменья Николая (Ильина). Возобновились богослужения в церкви в честь Корсунской иконы Божьей Матери (освящена в 1991 г.), в храме-усыпальнице во имя Всех святых (освящён в 1996 г.), в соборе Николая Чудотворца (освящён в 2009 г.). Одновременно велись реставрационные работы в храмах, жилых корпусах, восстановлены второй и третий ярусы надвратной колокольни. Благоустроен источник Николая Чудотворца, в 1996 г. была сделана купальня. В 1992 г. на площади перед монастырём установлены мраморный постамент в память о битве под Малоярославцем и знак в память о погибших в ней французском дивизионном генерале Алексе Жозефе Дельзоне и его брате Жеро Дельзоне. В 2010–2012 гг. возведён храм во имя архангела Михаила. В 1995 г. при Малоярославецком монастыре был открылся приют «Отрада» для девочек-сирот и детей из неблагополучных семей. В 2003 г. для воспитанниц построен новый двухэтажный корпус с часовней в честь иконы Божьей Матери «Отрада и Утешение», классными комнатами, спортивным и концертным залами, библиотекой. При приюте организованы православная гимназия (с 2005 г.) и филиал Российского государственного социального университета. В 2000 г. в приюте был создан детский хор, который является лауреатом многих православных фестивалей. В приюте около 60 воспитанниц. При монастыре существуют скотный двор, огороды, теплицы. Малоярославецкому монастырю принадлежат два скита: в селе Карижа и в деревне Боболи Малоярославецкого района. В 2000 г. в Малоярославецком монастыре проживали 68 сестёр, в 2016 г. – 105 сестёр. В обители круглосуточно читается неусыпаемая Псалтирь; хранится ряд святынь, в том числе резное распятие с частицами Животворящего Креста Господня, хитона Господня и камнем от Гроба Господня; частица мощей Николая Чудотворца, привезённая в обитель в 2001 г. в дар из города Бари; стопа преподобного Антония (Путилова). Практикуется шитьё икон бисером, шёлком и золотом. Возобновлена традиция ежегодного крестного хода из Малоярославецкого монастыря к братской могиле 25 октября. В 1998 г. Малоярославецкий монастырь посетил Болгарский  патриарх Максим (Минков), в июле 1999 г. – Патриарх Московский и всея Руси Алексий II (Ридигер), визит Патриарха Московского и всея Руси Кирилла (Гундяева) 28 октября 2012 г. был приурочен к 200-летию Малоярославецкого сражения.