Исследователи отмечают, что после смерти Мануил Хрисаф стал для церковных музыкантов по всему Восточному Средиземноморью одним из самых почитаемых деятелей музыкального прошлого, если судить по широкому распространению его произведений в рукописях XV–XVI вв. и частому упоминанию его имени в заголовках и записях на полях в кодексах поствизантийского периода. Например, Иоанн Плусиадин, который сам был автором калофонических произведений, в одном из поздних автографов назвал Мануила Хрисафа новым Кукузелем. Этот эпитет, сравнивающий Мануила Хрисафа с основоположником и одним из первых авторов произведений калофонического пения в XIV в., содержится и в других поствизантийских рукописях. Более того, Мануил Хрисаф назван учителем в различных источниках. То, что Мануил Хрисаф был учителем, исследователи сделали вывод и из фрагмента его музыкально-теоретического трактата, где он пишет о своём ученике иеромонахе Герасиме. Мануил Хрисаф активно занимался написанием певческих кодексов. Определённо ему принадлежит авторство двух кодексов. Первый – певческая рукопись, объёмная Аколуфия, выполненная в 1458 г., в сохранившемся колофоне которой указаны имя автора и год создания. В неё входят сотни произведений: от анонимных песнопений с обозначениями «старое» и «древнее», относящихся к началу палеологовского периода, до произведений мастеров XIV в. Иоанна Кукузеля, Ксена Корониса и Иоанна Клады, современников Мануила Хрисафа. Записанные им калофонические песнопения часто сопровождаются эпитетами, такими как «весьма прекрасное», показывающими высокоперсонализированную эстетику калофонического периода, которую Мануил Хрисаф пытался спасти в период распада империи и рассеивания музыкантов, ранее трудившихся при императорском дворце в Константинополе. С этой целью Мануил Хрисаф поместил в рукопись песнопения кафедрального обряда собора Святой Софии в Константинополе, уже вышедшие из употребления в 1458 г., когда Мануил Хрисаф закончил работу над этой рукописью (например, служба вавилонских отроков в пещи), но которые он считал достойными сохранения и распространения. Второй автограф Мануила Хрисафа – рукопись, содержащая музыкальные трактаты, грамматику и колофон, с указанием года завершения его написания – 1463 г. Ещё два кодекса, как полагают исследователи, судя по их содержанию и по почерку, написанные Мануилом Хрисафом – недатированный калофонический Стихирарь, идентифицированный Г. Статисом как автограф Мануила Хрисафа и сборник, большей частью состоящий из калофонических произведений, идентифицированный А. Яковлевичем и датированный им на основе филиграней 1453–1455 гг. Рукопись исследователи считают одним из самых важных источников по византийскому пению XV в., по словам Г. Статиса – «блестящим свидетельством [традиции] Матиматария». Исследователи полагают,  что наиболее важной характеристикой этой рукописи является большое число произведений Мануила Хрисафа, что свидетельствует о его стремлении дополнить те разделы репертуара, в которых отсутствовали авторские произведения. В рукописи Мануил Хрисаф отдал дань уважения маистору Иоанну Кукузелю, включив 104 калофонические стихиры этого мелурга, что, однако, уступает числу произведений самого Мануила Хрисафа – 145.