Приблизительно в эту же эпоху почитание Михаила Всеволодовича и Феодора стало востребованным в Чернигове. Одним из ранних подтверждений этого почитания в городе, вновь вошедшем в состав Русского государства, исследователи называют свидетельство о строительстве в 1691 г. по челобитью солдат и стрельцов посвящённой святым деревянной церкви в черниговском замке; исследователи не исключают, что её возведению способствовало почитание мучеников в Москве. Храм существовал в 1766 г., но вскоре был упразднён. При епископе Михаиле (Десницком) в 1805 г. мученикам была посвящена церковь при духовной семинарии, а в 1857 г. придел в их честь устроили в кафедральном Преображенском соборе. К рубежу XIX и XX вв. в ризницах и музеях Чернигова и Киева находились предметы XVIII в. – потиры, оклады Евангелий, дарохранительницы и иконы с образами этих святых, а также металлические и мраморные рельефы со сценой их мучения в Орде. Сведения об этих памятниках немногочисленны. По мнению исследователей, это были произведения в стиле барокко и классицизма, а их иконография ориентировалась на европейскую художественную традицию и продолжавшие её русские композиции. В XVIII – начале XX вв. Михаила Всеволодовича и Феодора продолжали изображать среди Московских чудотворцев, хотя не на всех иконах и гравюрах на эту тему (обычно их нет на иконах Богоматери Боголюбской-Московской). Среди подобных изображений исследователи выделяют гравюру первой половины XVIII в. с видом Успенского собора Московского Кремля и образами Московских святых, представляющая собой своего рода путеводитель по столичным святыням; князь и боярин показаны в левой группе вместе со святителями, преподобным князем Даниилом, царевичем Дмитрием и княгиней Евфросинией (Евдокией). В более поздних композициях они присутствуют чаще, что, по мнению исследователей, объясняется ростом интереса к святыням и древностям Москвы во второй половине XIX – начале XX вв. Фигуры Черниговских мучеников включены в композиции, которые различаются расположением персонажей и местом, отведённым смысловому центру изображения – Владимирской иконе Божьей Матери. Это два однотипных пядничных образа Московских святых начала XX в., где икона Божьей Матери помещена в верхней части средника (обе – Центральный музей имени Андрея Рублёва; святые представлены в центре, на заднем плане, по сторонам Даниила Московского, Михаил Всеволодович  изображён безбородым, Феодор в соответствии с рекомендациями подлинников держит храм), а также произведения, в которых образ Божьей Матери Владимирской поддерживают представленные в центре Московские святители Пётр и Алексий. К их числу исследователи относят иконы второй половины XIX в. в Успенском соборе Троице-Сергиевой лавры и 1908 г. в Васильевском приделе собора Покрова на Рву. В убранство этого придела, созданное на рубеже XIX и XX вв., входят и оплечные образы Михаила Всеволодовича и Феодора – помещены на сени раки святого Василия Блаженного среди Московских святых; на сени Михаил Всеволодович изображён в княжеской шапке, но на иконе 1908 г. – в царском венце, что свидетельствует о попытках возродить один из древних вариантов иконографии (возможно, с опорой на фреску Благовещенского собора в Кремле).