Маркелл происходил из сирийского города Апамеи (в календаре Русской православной церкви назван Маркеллом Апамейским), из знатной богатой семьи, имел старшего брата. Рано лишившись родителей, отправился в Антиохию, где получил хорошее образование. Не удовлетворившись светскими науками, решил постичь духовный смысл Священного Писания и отправился на поиски наставника. Маркелл не знал, куда именно ему идти, и вдохновлялся словами: «...Пойди из земли твоей, от родства твоего и из дома отца твоего [и иди] в землю, которую Я укажу тебе» (Быт. 12:1). Странствия привели его в город Эфес, где он нашёл пристанище в доме некоего благочестивого христианина. Слуга хозяина дома по имени Промот вёл добродетельный и аскетичный образ жизни, он и стал духовном наставником Маркелла. Необходимые средства для пропитания Маркелл добывал искусством каллиграфии. Днём он работал, а ночи проводил в непрестанной молитве и размышлении над Священным Писанием, которое он тоже переписывал своим прекрасным почерком. Однажды Маркелл услышал, что в Константинополе живёт некий подвижник по имени Александр, человек необычайно мудрый, способный толковать Библию. Желая сделаться учеником аввы Александра, Маркелл покинул Эфес и отправился в столицу Византийской империи. В это время преподобный Александр и его братия пребывали при церкви святого Мины. Маркелл познакомился с одним из иноков общины акимитов, и тот привёл его к наставнику. Преподобный Александр совершил над Маркеллом монашеский постриг и предсказал ему получение многих духовных даров. Поступление Маркелла в общину преподобного Александра Константинопольского произошло около 420 или около 425 г., после того как преподобный Александр с братией пришли в Константинополь из Сирии. Маркелл долго подвизался под руководством преподобного Александра, проводил время в посте и молитве, а также занимался благотворительностью, помогая нищим и убогим. Между 420/425 и 430 (год смерти преподобного Александра) гг. община покинула Константинополь и перешла на новое место под названием Гомон (азиатский берег Босфора); по мнению исследователей, это произошло после кончины основателя. В Гомоне сохранился необычный устав обители, из-за которого она получила своё название (обитель «неусыпающих» – иноки практиковали круглосуточное молитвословие, состоявшее из 24 частей, которое делилось на 12 ночных и 12 дневных служб с небольшими перерывами для отдыха). Усердно подвизавшийся Маркелл получил от Господа дар прозорливости и предвидел кончину преподобного Александра, а также то, что руководство обителью будет предложено ему. Стремясь избежать этого, он тайно ушёл из монастыря и отправился странствовать, разыскивая монахов и отшельников, чтобы получить от них наставление в духовной жизни. Некий отшельник Македоний, с которым Маркелл много беседовал, предсказал, что обитель, которой будет руководить Маркелл, получит бесчисленные духовные дары. Горюя об исчезновении Маркелла, которому они собирались вручить своё окормление, иноки-акимиты избрали игуменом брата Иоанна. Узнав о том, что наставник назначен, Маркелл вернулся в обитель к радости братии и нового игумена, который посвятил Маркелла в сан диакона. Игумен Иоанн очень почитал Маркелла и поручил ему наблюдение за строительными работами, после того как перенёс монастырь на новое место – в Иринеон (ныне Чубуклу, Турция), стремясь, по мнению исследователей, находиться поближе к Константинополю (между 430 и 448 гг.).