Победа Макария III на президентских выборах 8 февраля 1973 г. побудила церковную оппозицию к решительным действиям: 7 марта того же года митрополиты от лица Синода заявили о низложении архиепископа. Это постановление было признано неканоническим собравшимся в Никосии 5–14 июля 1973 г. Великим и Верховным Синодом под председательством Александрийского патриарха Николая VI (в нём участвовали иерархи Александрийской, Антиохийской и Иерусалимской православных церквей). Синод отлучил трёх кипрских митрополитов от церкви. Следствием церковного кризиса стало образование Лимасольской и Морфской митрополий (август 1973 г.), что позволило расширить состав кипрской иерархии, которая со времён латинского владычества сократилась с 13 до 4 архиереев. Организованный греческой хунтой (при одобрении США) военный переворот на Кипре 15 июля 1974 г. положил конец переговорам с турецкой общиной, которые велись с июня 1968 г. и были близки к успешному завершению, и имел следствием вторжение турецкой армии на Кипр. Макарию III удалось покинуть горящую резиденцию, через Мальту он прибыл в Лондон, а затем в Нью-Йорк. Макарий III сделал всё возможное для восстановления на Кипре конституционного строя. Под влиянием его речи на экстренном заседании Совета безопасности ООН, произнесённой 19 июля 1974 г., была принята резолюция о прекращении военного вторжения на территорию Республики Кипр, восстановлении конституционного режима и признании Макария III действующим президентом. Вернувшись на Кипр 7 декабря 1974 г., Макарий III приступил к урегулированию кипрской проблемы в новых условиях (нормализация жизни в южной части острова, восстановление экономики, решение вопросов беженцев и поиск пропавших без вести). Во время его встреч с Рауфом Денкташем 27 января и 12 февраля 1977 г. в Никосии были подписаны соглашения о стремлении обеих сторон к созданию независимого двухобщинного федеративного государства. Трагические события 1974 г. подорвали здоровье Макария III, и он скончался от сердечного приступа 3 августа 1977 г. В телеграмме с соболезнованием Московского патриарха всея Руси Пимена (Извекова) говорится: «Выдающийся церковный и государственный деятель, мудрый кормчий Христовой Церкви и кипрского народа – таким останется в нашей памяти светлый образ почившего архиепископа Макария». 8 августа, согласно завещанию, Макарий III был похоронен на горе Трони близ Киккского монастыря. На похороны прибыли делегаты Русской православной церкви митрополит Берлинский и Среднеевропейский Филарет (Вахромеев) и архиепископ Волоколамский Питирим (Нечаев). Макарий III внёс огромный вклад в освобождение Кипра от колониальной зависимости, в создание и становление кипрского государства, сохранение его суверенитета и территориальной целостности. Проводил политику неприсоединения к политическим и военным блокам и выступал за развитие добрых отношений с СССР. Макарий III уделял большое внимание развитию образования, здравоохранения и социального обеспечения. Многочисленные обязанности президента не отвлекали его от обязанностей предстоятеля Кипрской православной церкви. Макарий III регулярно совершал богослужения (с византийским великолепием, по словам очевидцев), посещал бедные сельские приходы, больницы и приюты. Любой верующий мог обратиться к нему напрямую за помощью. Макарий III заботился о повышении образовательного уровня духовенства, о развитии семинарии апостола Варнавы, решил проблему оплаты труда клира.