29 февраля 1964 г. в Никосии было подписано соглашение между советским и кипрским правительствами о воздушном сообщении. По указанию Анкары турки-киприоты перешли к политике самоизоляции (все депутаты и госслужащие вышли из государственных органов и попытались создать собственную администрацию), турецкое население стало сосредоточиваться в анклавах. Благодаря усилиям Макария III Совет безопасности ООН 4 марта 1964 г. принял резолюцию о признании территориальной целостности и политической независимости государства Кипр, а также о законности кипрского правительства, несмотря на выход из него турок-киприотов. Согласно данной резолюции, на Кипр были отправлены миротворческие войска. 6–12 марта с визитом в СССР находилась высокопоставленная кипрская делегация, в конце марта Макарий III пригласил Н.С. Хрущёва посетить остров. 9 августа 1964 г. в связи с угрозой турецкого вторжения Макарий III обратился за военной помощью к СССР и к Египту (как лидеру Движения неприсоединения) и получил согласие обоих государств. 30 сентября 1964 г. был заключён договор о помощи Кипру, по которому кипрское правительство приступило к закупке советского вооружения. Но последовавшие заявления западной прессы, что Кипр может превратиться в средиземноморскую Кубу, не имели ничего общего с действительностью. Макарий III был политиком далеко не левых убеждений и продолжал дистанцироваться от кипрской коммунистической партии АКЭЛ. Одновременно Макарий III получил поддержку неприсоединившихся государств. Во время Каирской конференции (5–10 октября 1964 г.) была принята резолюция, призывавшая уважать суверенитет Кипра и воздерживаться от вмешательства во внутренние дела государства. В 1964 г. Макарий III пригласил на Кипр Иосифа Броз Тито, в 1966 г. посетил Нигерию, Берег Слоновой Кости, Гану и страны Латинской Америки, в 1970 г. – Танзанию, Замбию и Кению и т.д. Попытки греков-киприотов получить от СССР и Чехословакии оружие привели в 1964–1966 гг. к серьёзным проблемам в отношениях с правительством Стефаноса Стефанопулоса (17 сентября 1965 г. – 21 декабря 1966 г.), которое перешло к прямому греко-турецкому диалогу по кипрскому вопросу. Макарий III осудил эти переговоры, заявив, что кипрская проблема является внутренним делом и судьба острова должна решаться не Грецией и Турцией, а в процессе диалога обеих общин. Макарий III продолжал руководить государством в тяжёлых условиях, народная поддержка его политики отразилась в результатах президентских выборов 25 февраля 1968 г., на которых Макарий III получил 95,45% голосов. Положение Макария III усложнил приход к власти в Греции «чёрных полковников». Из-за независимой политики Макария III греческая хунта добивалась его устранения путём укрепления внутренней оппозиции и организации покушений (при содействии западных спецслужб). Большим успехом «чёрных полковников» было создание церковной оппозиции – привлечение на сторону Киприана Киринийского митрополитов Анфима Китийского и Геннадия Пафосского, которые подняли вопрос об уходе Макария III с поста президента под предлогом несовместимости светской власти со священным саном. Большой международный резонанс получил визит Макария III в СССР (2–9 июня 1971 г.).