Согласно грамоте царя Фёдора Алексеевича от 1 июня 1680 г., монастырь получил ещё 17 пустошей (Исторический музей), а по грамоте от 31 июля 1681 г. – 14. Указом от 24 декабря 1684 г. цари Пётр I Алексеевич и Иван V Алексеевич подтвердили прежде выданные монастырю жалованные грамоты (Исторический музей). В 1680 г. в Лукиановой пустыни были заложены каменный храм в честь Богоявления с приделом во имя Феодора Стратилата, небесного покровителя царя Фёдора Алексеевича, и шатровая колокольня. Новый храм освятил по благословению патриарха Иоакима преемник преподобного Корнилия строитель Евагрий (1681–1689 гг.). В «Летописи» Лукиановой пустыни отмечено, что при Корнилии в монастырской церкви появились два напрестольных Евангелия в серебряных окладах, серебряные сосуды, два серебряных кадила, три медных паникадила, ризы, покровы, пелены, на колокольне – семь колоколов и часы. Для отшельника схимонаха Павла, который жил больше сорока лет вне монастыря, настоятель построил часовню в честь Нерукотворного образа Спасителя (Исторический музей), которая находилась в полутора верстах от Александрова по старой Троицкой дороге. В народе её именовали «Спасом», большой храмовый образ почитался чудотворным, перед иконой часто служили молебны. Доходы от кружечного сбора схимонах Павел сдавал в монастырь. Сам отшельник находился на полном обеспечении монастыря. В приходно-расходной книге за 1688 г. сказано: «...Старец отшелник Павел, дано холста на свитку по осмь аршина» (Государственный архив Владимирской области). В книгах приказа Большого дворца есть запись об отпуске съестного припаса в Лукианову пустынь «строителю с братией да отшельнику Павлу с братом его Кириллом». Рядом с пустынью также подвизался старец Серапион, «молодой отшельник» (Государственный архив Владимирской области). В конце XVII в. основными доходами Лукиановой пустыни были деньги за сдачу в оброк пустошей, лугов, мельницы, а также доходы, полученные от торговли скотом и лошадьми (у монастыря было два скотных и два конюшенных двора): «...Продано на Москве монастырских девять быков денег взято 24 рубли 16 алтын 4 денги» (Государственный архив Владимирской области, 1692 г.). Доходы от коневодства иногда были значительными: «Государыне цесаревне продано два жеребца вороные, взято денег сто рублев и те денги положены в ризницу» (Государственный архив Владимирской области, 1728 г.); «с конюшенного двора продана монастырская лошадь, денег за неё взято в монастырскую казну 2 рубли 25 алтын» (Государственный архив Владимирской области, 1692 г.). Традиционной статьёй дохода были средства, вырученные за совершение треб, «кружечные» и «молебенные» сборы. С 1687 г. монастырь получал ежегодное государево жалованье. Из Кормового дворца пустыни выдавалась рыба (в 1692 г. было выдано «десять белуг да десять осетров, рыбы же вялой десять связок, везиги 8 пучков да икры арменской 3 пуда»), из Хлебенного дворца – конопляное и сливочное масло, мука и крупы.