В 1659 г. в пустыни построили деревянный трапезный храм в честь Богоявления (возобновлён в 1669 г.). В первые годы настоятельства преподобного Корнилия братия жила бедно, о чём повествуется в «Чуде о преизобиловании муки ржаной въ сусеке» из «Сказания об основании Лукиановой пустыни (Российская государственная библиотека). Однажды пекарь пришёл к настоятелю и сообщил, что ржаной муки осталось на одну выпечку, однако по молитвам игумена запасы хлеба в обители не оскудевали. В 1661 г. преподобный Корнилий обратился к патриарху Никону с челобитной, в которой просил не взимать с пустыни казённые платёжные пошлины, поскольку «платить стало нечем, место скудное», а «приходу де у той их монастырьской церкви никого нетъ» (Исторический музей). По указу патриарха пошлины были отменены, а запись о монастырском храме исключена из окладных книг. Отношения настоятеля с братией складывались непросто, преподобный Корнилий неоднократно уходил из монастыря, искал пустынные места для поселения, но снова возвращался. По традиции, установленной преподобным Лукианом, Корнилий оказывал духовную поддержку монахиням александровского в честь Успения Божьей Матери монастыря. В ноябре-декабре 1661 г. по прошению александровской игуменьи Иулитты он был утверждён духовником женской обители. К концу 1660 гг. относится острый конфликт преподобного Корнилия с монахами Лукиановой пустыни, обвинявшими настоятеля в том, «что и свою обитель оставил, о другой печется. К нашей бо церкви и поставлен в священники и в строители учинен, а тамо живет без святительского благословения». По ходатайству игуменьи Анисии и благодаря заступничеству боярина Фёдора Михайловича Ртищева патриарх Иоасаф II благословил преподобного Корнилия пребывать в Успенском монастыре, а Лукианову пустынь посещать для духовного руководства («а Лукианову ж пустыню ездити из недели в неделю»). Однако преподобный Корнилий не оставлял пустынь своими заботами. По прошению строителя в 1673 г. царь Алексей Михайлович пожаловал обители «безоброчно» 4 десятины земли из пустошей Бекирево и Шадрино, в 1674 г. остальная земля этих пустошей была отдана монастырю на оброк. Обитель платила по 2 чети ржи и по 2 чети и 3 четверика овса (Исторический музей). Царь Фёдор Алексеевич дал обители четыре жалованные грамоты на земли. В 1676 г. он пожаловал пустоши Бекирево и Шадрино «безоброчно»: «...А хлеб, которой платили они с тех пустошей, велели сложить и впредь на них того хлеба имать не велели» (грамота от 9 октября 1676 г.: Исторический музей). Согласно грамоте от 6 февраля 1677 г., монастырю была пожалована «пустошь Аминево с пашнею и съ лесы и съ сенными покосы безоброчно» («Списокъ с подлинной грамоты слово в слово на пустошь Аминево...»). Жалованная грамота от 27 мая 1678 г. подтверждала права монастыря на пустоши Бекирево, Шадрино и отдавала в монастырское владение «пустошь урочище Загляднино с пашнею и с лесы и сенными покосы» и «мельницу, что под деревнею Недуревкою на реке на Малом Киржаче со всяким мелничным строением».