Власти разгоняют монастыри, закрывают и разрушают церкви, сажают священников. Как устоять перед приближающейся катастрофой?! Все мысли обращаются к Богу. А.Ф. Лосев и Валентина Михайловна дают монашеские обеты, приняв имена Андроник и Афанасия; тайный постриг был совершён афонским старцем архимандритом Давидом (Мухрановым) 3 июня 1929 г. (в поздние годы жизни духовником А.Ф. Лосева становится игумен Иоанн (Селецкий), о переписке с которым А.Ф. Лосева см.: Тахо-Годи А.А. 2009 г.). Книга «Диалектика мифа» (наиболее авторитетное издание с дополнениями и комментариями вышло в серии «Философское наследие» в 2001 г.) была сразу запрещена и уничтожена (ныне переведена на английский, немецкий, испанский, японский и другие языки). 18 апреля 1930 г., в Страстную пятницу, последовал арест. Предлогом послужили незаконные вставки, сделанные автором после подписания Главлитом; почва же для ареста подготавливалась заранее в докладах Абрама Моисеевича Деборина (Иоффе) в 1929 г. В мае 1930 г., когда А.Ф. Лосев уже месяц как был арестован, в Институте философии Коммунистической академии состоялся доклад Xаима Иосифовича Гарбера «Против воинствующего мистицизма А.Ф. Лосева» (напечатан: «Вестник Комакадемии». М., 1930 г.). В газете «Правда» (14 мая 1930 г.) помещены рецензии на семь книг А.Ф. Лосева – «философа-мракобеса». Журнал «На литературном посту» в 1930 г. клеймил «реакционную диалектику эстетического учения Лосева» (о книге «Диалектика художественной формы»). А.Ф. Лосев находился 17 месяцев на Лубянке во внутренней тюрьме; четыре с половиной месяца в одиночке; в марте 1931 г. был переведён в общую камеру. Следствие по делу «Истинно-православной церкви», по которому проходил А.Ф. Лосев, разрасталось. Приговор А.Ф. Лосеву вынесли 3 сентября  1931 г. – десять лет лагерей. После приговора перевели в Бутырскую тюрьму, на пересылку. Там 20 сентября объявили приговор осуждённому. А.Ф. Лосев обвинялся в причастности к «монархической организации церковников “Истинно-православная церковь”». Коллегия ОГПУ вынесла решение в отношении всех участников организации. Лосевы входили в число активных антисергианцев (см. в ст. Сергий (Страгородский)), держали сторону Петра (Полянского), местоблюстителя Патриаршего престола. Они были связаны с насельниками Данилова монастыря во главе с архиепископом Феодоро (Поздеевским), который отложился от митрополита Сергия (Страгородского), и с насельниками Зосимовой пустыни. Осознавая себя сторонником имяславия как «чисто религиозной идеи», А.Ф. Лосев посещал собрания московских имяславцев, на которых выступал с докладами; в собраниях принимали участие математики, физики, философы, психологи, историки. Бывали и монахи-имяславцы с Афона – архимандрит Давид (Мухранов), Манассия, Ириней (соборный старец Андреевского скита на Афоне). Монахи-имяславцы служили в часовне на Таганке. Лосевы были связаны с Михаилом Александровичем Новосёловым (см. Михаил (Новосёлов)), активным имяславцем, составившим «Большое имяславие», в котором встречались и цитаты А.Ф. Лосева. 28 сентября по этапу А.Ф. Лосева был отправлен в Кемь, в ГУЛАГ, однако вскоре переведён в посёлок Важины Ленинградской области.