В отчёте отмечалось, что, приобретая места, связанные со «священными воспоминаниями», по соседству с греческими подворьями, Леонид допускал «тактические ошибки по отношению к Иерусалимской Патриархии и греческому духовенству… и некоторыми своими приобретениями он внёс нежелательные осложнения в отношения с представителями местной церкви». Так, предпринятые им шаги к приобретению участка на горе Фавор «вызвали бурю негодования и сильнейшее противодействие со стороны греческого духовенства». Были нарекания в адрес Леонида и со стороны русского генерального консула в Иерусалиме. Он жаловался, что «начальник Миссии никаких предварительных сношений с ним не делает», вопреки положению инструкции 1902 г. и определению Синода от 19 декабря 1911 г., которым ему предписывалось «во избежание возможных недоразумений с турецкой администрацией, строго сообразоваться с местными законами, привлекая к участию в делах Миссии, требующих сношений с означенной администрацией, консульскую власть». По словам консула, поступки начальника Русской духовной миссии были признаны турецкой властью «самовольными». Те же недостатки были указаны в докладной записке заведующего Русскими подворьями в Иерусалиме П.И. Ряжского от 11 мая 1916 г. Начало Первой мировой войны привело к тому, что деятельность Русской духовной миссии была надолго прервана, и решение о перемещении её начальника отложено. Русская духовная миссия в полном составе была эвакуирована в Александрию. В 1917 г. Леонид отправился в Москву для участия в поместном Соборе Российской православной церкви. К этому времени вопрос о том, что Леонид не вернётся в Иерусалим, уже был решён священноначалием. Лишь отсутствие прямой связи с Палестиной из-за мировой и гражданской войн в России не позволило патриарху Московскому и всея России Тихону (Беллавину) назначить нового начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме. Патриарх решил назначить Леонида викарным епископом Тамбовской епархии. Но Леонид от назначения отказался. «Если бы сан епископа мог быть соединён с должностью начальника Иерусалимской Миссии, я бы с радостью и без всякого колебания принял это предложение, – писал Леонид патриарху 7 июня 1918 г. – В Палестине много неоконченных мною дел, и чтобы ликвидировать иерусалимские дела, связанные с Миссиею и, в частности со мной, я лично должен присутствовать в это время в Палестине, оставаясь непременно фактически начальником вышеупомянутой Миссии до окончания дел». Он просил также о «каком-либо временном занятии до отъезда в Иерусалим» и о разрешении поселиться в одном из московских монастырей, т.к. не имел в Москве «ни помещения, никаких средств для своего существования». На предпоследнем заседании поместного Собора, состоявшемся 19 сентября 1918 г., был зачитан доклад Леонида о проблемах Русской духовной миссии, представленный девятому отделу, – «О внутренней и внешней миссии [Церкви]». В частности, Леонид предложил повысить статус начальника Русской духовной миссии до сана епископа. Собор утвердил постановление Соборного Совета о передаче доклада на утверждение ВЦУ. Но до обсуждения доклада дело не дошло; заседания Собора были насильственно прерваны по настоянию светской власти в сентябре 1918 г. Леонид был похоронен в Москве, могила не сохранилась. В целом Леонид приложил много усилий к упрочению положения Русской духовной миссии в Иерусалиме и развитию инфраструктуры приютов, подворий, храмов. Приобретённые им недвижимость и постройки входят в неотъемлемое наследие Русской Палестины. Некоторые из его замыслов были реализованы лишь в последующие десятилетия (церковь у Мамврийского дуба освящена в 1925 г., церковь равноапостольной Марии Магдалины в Магдальском саду построена в 1962 г., храм Всех святых, в земле Российской просиявших, завершён и освящён по благословению патриарха Алексия II (Ридигера) в октябре 2007 г.).