Не устраивало Леонида и положение с учебными заведениями Императорского Православного Палестинского общества: «Во главе управления школами Палестинского общества должно стоять духовное лицо, иначе сказать, школы Палестинского общества должны быть непременно церковноприходскими». Императорскому Православному Палестинскому обществу «необходимо подчиняться Духовной Миссии и в деле духовного руководства паломниками». Палестинское общество, по мнению Леонида, «должно делать только то, что желает Духовная Миссия». Автор записки ссылается на авторитет архимандрита Антонина (Капустина), который будто бы, «устраивая Палестинское общество, думал в нём видеть себе преданного пособника в делах Миссии». Одновременно в Министерство иностранных дел поступила несколько отличавшаяся по содержанию записка, восходившая, без сомнения, к Леониду либо к его единомышленнику архимандриту Арсению (Жадановскому). В ней автор утверждал, что начальником Русской духовной миссии в Иерусалиме должен быть епископ, «ему быть представителем Автокефальной Российской Церкви в Палестине и Сирии. Сношения с Патриархом [Иерусалимским] и Святогробским братством передаются непосредственно ему»; генеральному консулу оставлялись лишь политические (сношения с местной светской властью) и полицейские обязанности, а Палестинскому обществу – «дело защиты Православия в Святой Земле». Великая княгиня Елизавета Фёдоровна, председатель Императорского Православного Палестинского общества, попыталась вернуть начальника Русской духовной миссии к мирному сотрудничеству. В рескрипте на его имя от 4 сентября 1913 г. она писала: «Я очень жалею, что именно там Вы купили землю и строите подворье рядом с нашим. Я опасаюсь, что через это обострятся отношения». На предложение повысить статусный уровень начальника Русской духовной миссии великая княгиня отвечала: «Если теперь начальник Миссии старается действовать против интересов Палестинского общества, то что будет тогда, когда он будет возведён в сан епископа и назначен представителем Св. Синода при Патриархе?» В заключении письма говорилось: «Я понимаю Ваше стремление созидать как можно больше церквей в Святой Земле; но, мне кажется, давая молитвеннодуховное утешение паломникам, Вы могли бы предоставить Палестинскому обществу устройство подворий и заботу о физическом благосостоянии паломников». Финансово-хозяйственные дела миссии оказались крайне запущенными, все деньги, в том числе неприкосновенный запас, хранившийся в санкт-петербургских банках, были растрачены. Сёстры Елеонского и Горненского монастырей практически голодали, начальнику Русской духовной миссии никто не давал денег в долг ни под какие проценты. В результате Синод принял решение о возвращении Леонида в Россию с возведением в сан епископа Балахнинского, викария Нижегородской епархии. Однако новое назначение Леонид проигнорировал. С одной стороны, он не хотел уезжать из Иерусалима, с другой – крайне расстроенное материальное положение Миссии затрудняло передачу Русской духовной миссии его преемнику.