Изданный ещё в 1905 г. Указ Сенату об укреплении начал веротерпимости требовал определённых изменений в жизни Русской православной церкви, в частности, введения нового положения о православном приходе. Проект такого положения, выработанный Особым совещанием при Синоде, был представлен на рассмотрение Совета министров в 1908 г., но министры народного просвещения и юстиции подвергли его резкой критике. С.М. Лукьянов доработал проект и вновь представил его. По предложению С.М. Лукьянова приход под руководством священника, находясь в канонической зависимости от местного епископа, должен был получить статус юридического лица, в том числе и право распоряжаться через выборных лиц церковноприходским имуществом. Особенно активно С.М. Лукьянов занимался улучшением работы Учебного комитета при Синоде, поддерживая идею о том, что комитетом должен руководить архиерей – член Синода. Он придавал большое значение постановке учебного и воспитательного процесса в семинариях и училищах, т.к. считал, что «отечество наше нуждается... в пастырях..., сильных не одним благочестием, но и знанием, умеющих сочетать веру и науку». Высоко оценивая роль церкви в преодолении недоверия крестьян к школьному обучению, С.М. Лукьянов неуклонно отстаивал в Думе право церкви на учительство: церковноприходским школам необходимо предоставить независимость от Министерства народного просвещения, т.е. ввести демократический, по сути, принцип многообразия форм образования. В 1909 г., выступая в Государственной думе, С.М. Лукьянов отмечал, что богослужение само по себе недостаточно для осуществления этой цели учительства, т.к. церковная проповедь обращена к взрослым, а не к детям, и ограничение роли священника только богослужением развивает в народе отношение к нему как к требоисполнителю, а не как к пастырю и наставнику. Церковные школы нужны не только населению, т.к. наилучшим образом подготавливают подрастающее поколение в духе «православной церковности», но и государству, т.к. воспитывают достойных граждан, поскольку «этическая сущность христианства» состоит в «самоотверженном исполнении долга». С.М. Лукьянова волновали проблемы распада церковно-государственного союза. По его мнению, на Западе происходит «порабощение церковного начала, поглощение Церкви государством», низведение Церкви до значения «какого-то религиозного кружка…, призванного служить на потребу отдельных человеческих душ». С.М. Лукьянов считал, что русский народ стремится к единству идеалов государственности и церковности на основе не только юридических норм, но и уважения, «нравственного взаимного долга». Церковь, говорил С.М. Лукьянов, «вынянчила Русское государство…, блюдёт… русскую народную душу» и в «будущем под Её спасительный кров будут собираться православные русские люди, вдохновляющиеся религиозной верой, без которой нет жизни ни для отдельных лиц, ни для народов, ни для государства». С.М. Лукьянов вспоминал, что на предсоборном присутствии государь упоминал о своей готовности стать кандидатом на Патриарший престол.