К этому времени горожане стали уклоняться от участия в церемонии, которую они рассматривали как дорогостоящую и обременительную церковную повинность. В конце XIV в. после длительного сопротивления со стороны духовенства городские власти добились отмены праздника. Считается, что в Средние века прах Лугдунских мучеников хранился в церкви Сен-Низье; в аббатстве Эне были частицы мощей святого Потина, кошель (saccus) с прахом мучеников и серебряный реликварий с мощами святой Бландины. Эти святыни были утрачены в 1562 г., когда гугеноты захватили Лион и разграбили городские церкви. В XVIII в. в церкви Сен-Низье хранились частицы праха Потина и других мучеников, в Эне – мощи Бландины, но эти реликвии исчезли во время Французской революции (1789–1799 гг.). Согласно Д. Мени, сохранились частицы мощей святой Бландины и неизвестного мученика (в церкви бывшего монастыря Эне), а также святого Потина (в церкви Сен-Потен). В 1856 г. уцелевшие частицы мощей святых Потина, Санкта, Бландины и др. поместили в реликварий Лугдунских мучеников, который хранится в церкви святого Иринея (Сент-Ирене). Об укреплении почитания Лугдунских мучеников в XVII в. свидетельствует основание братства в их честь при церкви святого Иринея (распущено в годы Французской революции, восстановлено в 1817 г.). В 1689 г. была обретена «темница святого Потина» – подземелье, в котором якобы скончался первый епископ Лугдуна. Исследователи полагают, что грот был частью богатой усадьбы эпохи Римской империи; в XVI в. он использовался как погреб в доме гуманиста Пьера Сала, при строительстве которого были обнаружены римские руины (от этого произошло название усадьбы – Антикай), принятые за остатки дворца наместника, где якобы содержали мучеников. В 1630 г. здесь была основана обитель визитанок, капеллу которой освятили во имя Пресвятой Девы Марии и Лугдунских мучеников (1639 г.). Самое раннее упоминание о почитании подземелья в Антикае как места, связанного с подвигом Лугдунских мучеников, относится к 1666 г. Монахиня Анна Мари де Тели из Тулузы, особо почитавшая святого Потина, убеждала лионских монахинь в достоверности этого «предания». В ночь на 4 ноября 1689 г. Сюзанне Мари де Риан де Вильре, настоятельнице антикайской обители, явился святой Потин и пообещал защищать тех, кто почитали его «темницу». После этого подземелье стало местом паломничества, там была устроена капелла, записывались чудеса, совершавшиеся по молитвам к святому Потину (самая ранняя запись была сделана 4 января 1691 г.). После Французской революции в зданиях монастыря разместился госпиталь, но в 1804 г. капелла святого Потина была вновь открыта. Посещение «темницы» папой Римским Пием VII (19 апреля 1805 г.) способствовало возрождению паломничества. Во второй половине XIX в. «темница святого Потина» была расширена и перестроена. В XIX в. в Лионе были возведены приходские церкви во имя святого Потина (1841–1843 гг.) и святой Бландины (1863–1869 гг.). Во время посещения Лиона 4–7 октября 1986 г. папа Римский Иоанн Павел II (1978–2005 гг.) возглавил экуменическую молитву в амфитеатре Трёх Галлий на месте гибели мучеников.