В сочинении «О славе мучеников» Григорий Турский перечислил имена Лугдунских мучеников и изложил предание об обретении их праха. Христиане горевали об утраченных останках мучеников. Явившись неким благочестивым людям, святые поведали, что Христос даровал им вечный покой, и велели собрать пепел, оставшийся на месте сожжения. Христиане построили большую базилику во имя мучеников и положили их прах под алтарём, где, по словам Григория Турского, совершались чудеса. Место, где пострадали Лугдунские мученики, называлось Атанак (Athanaco uocatur), поэтому их также именовали Атанакскими мучениками. Эти сведения повторяются в мартирологе Лионского анонима (начало IX в.), а также в мартирологе Адона Вьеннского, где добавлено, что прах Лугдунских мучеников покоился в церкви Апостолов (in Apostolorum ecclesia). В Средние века важнейшими центрами почитания мучеников в Лионе были бенедиктинское аббатство Эне и приходская церковь святого Ницетия (Сен-Низье). На основании свидетельства Григория Турского сложилось мнение, что Лугдунские мученики погибли там, где впоследствии было построено аббатство Эне, именовавшееся Атанакским монастырём (Athanacense monasterium). Однако самые ранние упоминания о монастыре относятся к IX в., а предание о гибели мучеников в Эне сложилось не раньше XIII–XIV вв. Тем не менее, лионские историки XVII в. настаивали на достоверности этой легенды. По мнению иезуита Теофиля Рено, Лугдунские мученики пострадали в Эне и были похоронены в церкви Сен-Низье, которую он считал древней базиликой Апостолов. Жан-Мари де Ла Мюр полагал, что монастырь Эне находился на месте, где были казнены Лугдунские мученики и уничтожены их останки. Ораторий, в котором собирались первые христиане Лугдуна, историк отождествлял с криптой под церковью Сен-Низье; по его мнению, в этой крипте хранился прах мучеников. Отождествление Эне с местом казни Лугдунских мучеников отстаивали также некоторые лионские авторы XIX в. В буллах папы Римского Иннокентия IV от 1251 г. упоминается, что в церкви Сен-Низье находился алтарь Пресвятой Девы Марии, освящённый епископом Потином; там же хранились мощи первого епископа Лугдуна. Впоследствии считалось, что епископ Потин поместил там статую Девы Марии, привезённую им с Востока; в IV или V в. на месте подземного раннехристианского оратория была возведена базилика Апостолов, в дальнейшем названная в честь святого Ницетия. Многие исследователи пытались отождествить аббатство Эне и церковь Сен-Низье с позднеантичными и раннесредневековыми храмами, известными исследователям по упоминаниям в источниках. Романская церковь аббатства Эне была освящена папой римским Пасхалием II 29 января 1107 г. и реконструирована в 1829–1855 гг.; примыкающую к ней капеллу святой Бландины с небольшой криптой исследователям датируют около 1000 г. (впоследствии перестроена), но следов более ранних церковных построек там не обнаружено. Готическая церковь Сен-Низье была возведена в XV–XVI вв. на месте древней базилики, где был похоронен святой Ницетий (ум. в 573 г.) и другие епископы Лугдуна, жившие в VI в. Крипта, в которой находились гробницы епископов, была радикально перестроена в 1883–1884 гг.