Самые ранние упоминания о монастыре Лупа исследователи связывают с деятельностью Алкуина, который вскоре после того, как прибыл в королевство франков (782 г.), получил от Карла Великого монастыри Ферьер и святого Лупа в Труа (об этом сообщается в Житии Алкуина, составленном в 820 гг.). Алкуин не жил в Труа постоянно, но время от времени посещал город и переданный под его управление монастырь. Во второй половине IX в. при базилике Лупа жили каноники, светским аббатом капитула был граф Труа. Когда норманны разорили город (889 г.), каноники во главе с главным ключником (archiclavus) Рагинарием скрылись, взяв с собой мощи Лупа. Позднее епископ Бодон и граф Аделельм разрешили каноникам перенести обитель внутрь городских стен, к кафедральному собору (там была построена церковь, где хранились мощи святого). В грамотах XI в. упоминается, что в аббатстве Пресвятой Девы Марии и Лупа жили секулярные каноники под руководством препозита. В 1104 г. препозит Герард построил на месте древней базилики Лупа капеллу святого Мартина, при которой был основан монастырь регулярных каноников Сен-Мартен-эз-Эр. В 1135 г. при участии Бернарда Клервоского устав Августина, который соблюдали регулярные каноники, был введён также в аббатстве Лупа. Расцвет аббатства исследователи относят к XII–XIII вв. В 1136 г. каноник Стефан из Нуайе подарил серебряный ковчег для главы Лупа, а в 1153 г., при аббате Эверарде, мощи святого выставили для поклонения и затем поместили в новую раку. Из-за того что эту раку часто выносили во время процессий, она обветшала и рассыпалась, поэтому в 1359 г. для мощей Лупа изготовили раку из серебра (в ней святыня находилась до 1778 г., когда её поместили в новый реликварий). В особых реликвариях из серебра и бронзы хранились кости рук святого. По инициативе аббата Никола Форжо для хранения черепа Лупа был изготовлен массивный бюст-реликварий из позолоченной бронзы, украшенный эмалевыми пластинами со сценами жизни и изображениями чудес святого (1500–1503 гг., мастер Жан-Мишель Папийон). Глава Лупа была торжественно помещена в новый реликварий 6 апреля 1505 г. Рака Лупа была установлена за главным алтарём готического монастырского храма, освящённого 20 мая 1425 г. Другие здания монастыря были перестроены в XVII–XVIII вв. Во время Французской революции (1789–1799 гг.) монастырь был закрыт, бóльшая часть зданий впоследствии разрушена (в единственном сохранившемся корпусе размещается Музей изящных искусств). Реликварии и другие ценности монастырской ризницы были утрачены. В январе 1794 г. мощи Лупа и других святых, находившиеся в Труа, были сожжены; сохранились только фрагменты черепа святого, а также эмалевые пластины от реликвария. В 1811 г. уцелевшие частицы мощей Лупа были освидетельствованы и помещены в новую раку, которая хранится в кафедральном соборе.