В канонических декретах Лионского собора в центре внимания находились проблемы защиты церковного имущества и интересов клириков; упрощения, удешевления и ускорения церковного судопроизводства; обеспечения тяжущихся сторон квалифицированной помощью для защиты их интересов в ходе судебного разбирательства; обуздания недобросовестных судей; проведения принципа справедливости в вынесении судебных решений, а также рассматривались природа церковного отлучения и его применение. Соборные декреты способствовали развитию важных для средневековой канонистики учений о захвате владения, о справедливой причине и о ложном обвинении. В число 22 декретов Собора входят постановления о церковных выборах, о папских легатах, о защите прав сторон в суде (об эксцепциях), о рескриптах, об арбитрах, о папских делегированных судьях (conservatores), о недобросовестных судьях. В декретах Лионского собора затрагивались проблемы защиты духовенства, а также церковного имущества от мирян и недобросовестных клириков, рассматривались вопросы распределения бенефициев и владения ими, а также связанные с бенефициями меры наказания клириков и судебного воздействия на них. Апелляционному судопроизводству посвящены два постановления: «Statuimus ut si quis electionem» и «Cordi nobis», в которых регламентировались условия и порядок оформления и подачи апелляций (обязательное письменное оформление апелляции, сроки прибытия сторон к апелляционному судье, особо выделялись апелляции по делам о церковных выборах). В число декретов Лионского собора входят также четыре наиболее важные «Новеллы» Иннокентия IV о церковных наказаниях: «Cum medicinalis», «Solet a nonnullis», «Statuimus, ut nullus», «Quia periculosum». Они регламентировали вынесение и оформление приговора о церковном отлучении: определялись права отлучённого в суде и вне суда; устанавливались как обязательные письменное оформление приговора (при отлучении епископов предусматривалось их поимённое перечисление) и троекратное увещевание перед наложением отлучения, рассматривалось снятие церковного отлучения с приведением к клятве, подтверждались каноны о наложении малого отлучения за общение с отлучёнными. Наказание отлучением от церкви вводилось за затягивание рассмотрения дела арбитрами, а низложение предусматривалось для тех, кто нанимает и укрывает наёмных убийц.