К 1240 гг. XIII в. перед католической церковью стояло множество нерешённых вопросов; серьёзной проблемой был длительный конфликт Папского престола с императором Фридрихом II Штауфеном. В 1239 г. папа Григорий IX отлучил императора от церкви. Обе стороны использовали в своих целях идею вселенского Собора, который должен был положить конец данному противостоянию. Созванный по инициативе папы Григория IX для суда над императором Собор в Риме (1241 г.) не решил проблему. Планировалось провести ещё один Собор в Риме, однако флот под командованием незаконнорождённого сына Фридриха II Энцо захватил направлявшихся на него французских прелатов; в течение нескольких лет они находились в плену на острове Сицилия и были освобождены по настоянию французского короля Людовика IX Святого (1226–1270 гг.). После избрания на Папский престол Иннокентия IV вопрос о проведении вселенского Собора обсуждался на мирных переговорах в Риме и рассматривался как одно из условий договора, заключённого 31 марта 1244 г. (согласно этому договору, император обязывался вернуть понтифику захваченную им Папскую область в тех границах, которые были подтверждены «Золотой буллой» 1213 г.). Однако Фридрих II Штауфен отказался выполнять условия договора. В июне в Чивита-Кастеллана начались новые переговоры. Они были прерваны тайным бегством папы в Геную, откуда он разослал письма европейским правителям с просьбой оказать поддержку в борьбе с императором. Как полагают исследователи, бегство понтифика было вызвано не только стремлением обеспечить личную безопасность, но и намерением вынудить французского короля и других государей выступить против императора. Папа потребовал от императора беспрекословного выполнения всех обязательств перед церковью, в противном случае грозил созывом вселенского Собора и осуждением императора. В ноябре 1244 г. Иннокентий IV пересёк Альпы и 2 декабря прибыл в город Лион, находившийся в прямой вассальной зависимости от императора, но тяготевший к Французскому королевству и нередко воспринимавшийся современниками как часть Франции. Отъезд папы в Лион не сразу привёл к полному разрыву с Фридрихом II Штауфеном, т.к. Иннокентий IV заявил о готовности снять с императора церковное отлучение, если Фридрих II выполнит условия договора 1244 г. В течение первых месяцев 1245 г. велись оживлённые переговоры между папской и императорской куриями, чему способствовало обострение ситуации на латинском Востоке. Активными посредниками в переговорах между Иннокентием IV и Фридрихом II в марте-апреле 1245 г. били император Латинской империи Балдуин II (1240–1273 гг.) и латинский патриарх Антиохии Альберт Редзато (1226–1245 гг.).