Немецкая колонизация Ливонии не препятствовала развитию русско-немецкой торговли, условия которой определяли русско-ливонские (позже и русско-ганзейские) торговые договоры (впоследствии требование обязательного посредничества ливонцев между русскими и европейскими купцами постепенно привело к вытеснению русских купцов из балтийского региона). В Риге, Дерпте, Ревеле (ныне Таллинн, Эстония), Кокенхузене (ныне Кокнесе, Латвия) существовали поселения русских купцов («русские деревни») с православными храмами. И хотя католическое духовенство препятствовало распространению в Ливонии православия, считая православных «схизматиками» и врагами (об этом см., например, в ст. Латвия), прагматизм ливонских бюргеров и их ландсгерров, заинтересованных в развитии международной торговли, заставлял их в целом проявлять религиозную терпимость; вместе с тем ливонские ландсгерры широко использовали религиозную риторику и акцентировали своё участие в борьбе со «схизматиками» в надежде привлечь в Ливонию крестоносцев и получить денежные средства. Столкновения на религиозной почве проявили себя в период Реформации (первая половина XVI в.) и Ливонской войны (1558–1583 гг.), когда получил развитие и распространение миф о «русской угрозе». Русская сторона также использовала религиозную риторику в политических целях; в созданных в период Ливонской войны агиографических сочинениях, посвящённых мученичеству православного священника Исидора и его сторонников (см. Исидор и 72 (73) мученика), подчёркивалось враждебное отношение немецких бюргеров и торговцев к русским купцам и православным жителям Ливонии. Ограниченность Ордена меченосцев в людских и материальных ресурсах, их нехватка для нужд орденского государства заставили меченосцев в 1230 гг. искать сближения с Тевтонским орденом. Были начаты переговоры об объединении Орденов, но они затянулись как по причине того, что меченосцы настаивали на своих условиях проведения инкорпорации, прежде всего, на обязательном сохранении владений и структуры Ордена в Ливонии, так и в силу нежелания руководства Тевтонского ордена и его верховного магистра Германа фон Зальцы (1209–1239 гг.) распространять сферу своего влияния на меченосцев. Однако после разгрома литовцами Ордена меченосцев и выступивших тогда в союзе с Орденом псковичей в битве при Сауле (22 сентября 1236 г.) папа Римский Григорий IX (1227–1241 гг.) постановил инкорпорировать рыцарей и владения меченосцев в состав Тевтонского ордена. Среди прочего это должно было способствовать завоеванию Курляндии, Земгалии и Жямайтии (Жмуди), что позволяло объединить орденские владения в Пруссии и Ливонии в единый комплекс. В 1237 г. на капитуле в Марбурге было решено принять меченосцев (около половины их погибло при Сауле) в Тевтонский орден. В Ливонию прибыл отряд из 60 рыцарей во главе с прусским ландмейстером (магистром) Германом Балком (1237 – 1238/1239 гг.). Стратегия Тевтонского ордена предусматривала участие его ливонского подразделения в боевых действиях на южном, курляндско-земгальско-жямайтийском, направлении, поэтому, согласно договору в Стенбю (7 июня 1238 г.), владения меченосцев в Северной Эстонии были уступлены датскому королю Вальдемару II.