В XIII в. магистр ливонского подразделения избирался генеральным капитулом (общим собранием) рыцарей Тевтонского ордена (до 1413 г. без учёта мнения братьев собственно Ливонского ордена); лишь к XV в. ливонские магистры получили большую автономию от верховных магистров: с 1424 г. братья Ливонского ордена представляли верховному магистру две кандидатуры на выбор, одну из которых тот должен был утвердить на должность магистра Ливонии; после 1469 г. верховному магистру предлагалась всего одна кандидатура. Должность магистра Ливонского ордена считалась пожизненной, но устав Ордена допускал его добровольный отказ или отстранение. Заместителем магистра, его ближайшим советником и преемником считался ландмаршал, чья резиденция находилась в Зегевольде. Он являлся руководителем Ордена в Ливонии во время отъезда магистра или в период до избрания нового магистра. Смена магистров Ливонского ордена производилась довольно часто. Должность магистра рыцарь мог получить только после многих лет службы, уже в пожилом возрасте. Устав предписывал должностным лицам соблюдать традиции коллегиального правления, поэтому политику магистра контролировал орденский капитул, на котором сначала были представлены все братья-рыцари (позже в работе капитула стали участвовать представители орденских конвентов). С момента своего основания Ливонский орден был нацелен на покорение языческой страны и её административно-хозяйственное освоение. В результате оформилось орденское государство – уникальное объединение феодальных и корпоративных структур. Основой его административной системы являлся конвент – сообщество братьев Ордена, проживавших в одном из замков (Konventshaus); каждый замок был центром подконтрольного братству округа (гебит; нем. Gebiet). Конвенты возглавлялись комтурами и фогтами, принадлежавшими к числу высших чинов (гебитигеров) Ордена. В ливонском орденском государстве было девять гебитов: Доблен (ныне Добеле, Латвия), Динабург (ныне Даугавпилс, Латвия), Виндау (ныне Вентспилс, Латвия), Гольдинген (ныне Кулдига, Латвия), Мариенбург (ныне Алуксне, Латвия), Пернау (ныне Пярну, Эстония), Ревель (после 1346 г.), Талькхоф (ныне Курси, Эстония) и Феллин, а также одиннадцать фогтств: Бауске (ныне Бауска, Латвия), Везенберг (ныне Раквере, Эстония), Гробин (ныне Гробиня, Латвия), Зельбург (ныне на территории Латвии), Зонебург (ныне Маазилинн, Эстония), Йервен (ныне Ярвере, Эстония), Кандау (ныне Кандава, Латвия), Нарва (ныне в Эстонии), Нейшлосс (ныне Васкнарва, Эстония), Розиттен (ныне Резекне, Латвия) и Тольсбург (ныне Тоолсе, Эстония). Округа Венден и Тукум (ныне Тукумс, Латвия) наряду с орденским замком в Риге находились в ведении магистра, а округа Ашераден (ныне Айзкраукле, Латвия), Динамюнде (ныне в черте Риги, Латвия), Зегевольд и Митава (ныне Елгава, Латвия) с конца XV в. контролировал ландмаршал. Под управлением Ливонского ордена находились и некоторые владения в Бремене (вплоть до Ливонской войны; окончательно перешли в ведение городских властей после смерти последнего комтура в 1583 г.), Гольштейне и Мекленбурге (до 1348–1356 гг.), а также в Швеции (до 1467 г.). Гебиты были замкнутыми административно-хозяйственными образованиями, связанными с центральным руководством через своего гебитигера. Тот получал от магистра инструкции, отчитывался в их выполнении, просил у магистра совета и помощи.