Впрочем, царь, по мнению А.М. Курбского, лишь пособник дьявола, и князь допускает для него покаяние, которое вернёт его на «узкий путь», намеченный Избранной радой. Не признавая законной российскую церковную иерархию, виновниками в усматриваемом упадке русского православия А.М. Курбский считает именно иосифлян, которым приписывает грубые канонические нарушения. Митрополит Даниил освободил великого князя Василия III Ивановича от крестного целования и гарантий неприкосновенности Новгород-Северскому князю Василию Ивановичу Шемятичу (Шемякину), а позднее позволил великому князю неканонический развод. При том же митрополите гонение от иосифлян испытали Максим Грек и инок Вассиан (Патрикеев), которого А.М. Курбский в сборнике «Иоанн Дамаскин» называет жертвой иосифлян и преподобномучеником. Митрополита Макария и епископов, принимавших соборное решение о ссылке Саввы Шаха, Артемия, Иоасафа (Белобаева) и других монахов, обвинённых в ереси 1553–1554 гг., А.М. Курбский считал «неискусными и пияными». Ростовского епископа Никандра он называет «в пиянство погружённым». Причинами жестких решений Собора А.М. Курбский считает засилье иосифлян в церковном руководстве и сговорчивость доносителей и особенно «наветника главного, Нектария». По предположению Александра Александровича Зимина, высказанному на основе обвинений Ивана IV Васильевича в адрес Сильвестра и, возможно, самого А.М. Курбского, последний наряду с лидерами Избранной рады был «противником» Коломенского епископа Феодосия. Бывший епископ Коломенский и Каширский Вассиан (Топорков) представлен в уникальном рассказе «Истории...» А.М. Курбского не только как угодник Василия III Ивановича и Ивана IV Васильевича, но и как слуга дьявола и искуситель: во время «Кирилловского езда» 1553 г. в Песношском во имя святителя Николая монастыре посоветовавший Ивану IV Васильевичу отказаться от помощи мудрых советников и установить неограниченное самодержавие. Исследователи полагают, что того же Вассиана (Топркова) А.М. Курбский называет «Вассианом Бесным», повествуя о суде над А.Ф. Адашевым и священником Сильвестром. Противостоят засилью иосифлян и преступлениям власти, по мнению А.М. Курбского, нестяжатели и гонимые царём его верные слуги. В первом послании к царю он упоминает «сильных во Израили», подразумевая, в первую очередь, преследуемых в России воевод (2 Цар. 3–4). В «Истории...» пострадавших от террора А.М. Курбский называет «новоизбиенными мучениками» и показывает, что многие земские слуги царя и некоторые опричники были не просто несправедливо казнены, но пострадали за веру от неправедного царя. Гонения на православных в Российском царстве своего времени в переписке с А.М. Курбским Иван IV Васильевич не признал.