В росписи патриаршей (бывшей митрополичьей) домовой церкви в честь Положения ризы Пресвятой Богородицы (1644 г.) в Московском Кремле, выполненной по заказу патриарха Иосифа мастерами Сидором Поспеевым, Иваном Борисовым и Семёном Абрамовым, на северо-западном столбе среди фигур восьми русских митрополитов (аналогичные изображения могли входить в состав более ранней росписи) Киприан в саккосе и архиерейской шапке, с длинной заостряющейся бородой изображён в нижнем ярусе на восточной грани по соседству с митрополитом Фотием. Так же святитель изображён на восточной грани столба и во втором ряду на северо-западном столбе Успенского собора Княгинина монастыря во Владимире (1647–1648 гг.), расписанного московскими мастерами под руководством Марка Матвеева. Несмотря на утрату надписи, общее сходство в программах фресок этих церквей, хронологическая близость их создания и связь с патриархом Иосифом позволяют исследователям думать, что в соборе Княгинина монастыря также представлен Киприан. Эпизодически Киприана включали в сонм Московских митрополитов при патриархе Никоне. Так, святитель в архиерейской шапке вышит на подольнике передней стороны саккоса, пожалованного патриарху царём Алексеем Михайловичем в 1655 г., рядом с образами Константинопольских и Русских иерархов (музеи Московского Кремля). Симон Ушаков поместил изображение Киприана на иконе «Похвала Богоматери Владимирской (Древо государства Московского)» (1668 г., Третьяковская галерея) в левом нижнем медальоне: он в зелёном саккосе, омофоре и шапке с меховой опушкой, подобно остальным святым в молении иконе Божьей Матери «Владимирская», со свитком в руках, надпись: «Радуйся, тайный Богонасажденный винограде и зрелый грозде нетления взрастивший». Похожую программу имела икона Христа Вседержителя с московскими чудотворцами, написанная, по мнению исследователей, в середине – третьей четверти XVII в. и известная по «переводу», изданному Александром Ивановичем Успенским: Киприан (без надписи, атрибуция Глеба Валентиновича Маркелова), в белом клобуке, представлен рядом с митрополитом Фотием. На обеих иконах показаны не только архиереи, но и другие святые, что указывает (наряду с эпитетом «о агиос» на иконе Симона Ушакова) на статус Киприана как местночтимого святого. Так же Киприан изображён в алтарной росписи придела во имя Варлаама Хутынского в церкви пророка Илии в Ярославле (1680 г., артель Гурия Никитина Кинешемцева): он и митрополит Фотий названы «московскими чудотворцами»; Киприан представлен в виде старца с довольно короткой бородой, его одежды, высокая шапка-митра, палица с изображением херувима и панагия – соответствуют богослужебному облачению русских иерархов второй половины XVII в.