В 1931 г. началась реставрация куполов и крыш корпусов обители. В том же году игуменья Михаила (Мелетьева) ушла на покой, а на её место была поставлена игуменья Феофания (Павлюк-Задворная). Она настоятельствовала (1931–1946 гг.) в сложный период: согласно новым правилам, в Корец, как в приграничный пункт, можно было попасть только со специальным разрешением, что значительно уменьшило приток богомольцев. В 1931 г. КОП захватил здания Воскресенского монастыря, в кельях поселились чиновники магистрата, школа-приют была изгнана, детей перевели в городской монастырский дом. В 1935 г. некоторых детей поселили в освободившемся доме священника на территории Воскресенского монастыря, что дало возможность возобновить богослужения в Воскресенском и Благовещенском храмах обители. В 1938 г. в Корецком во имя Святой Троицы женском монастыре происходили судебные прения в связи с очередной попыткой ревиндикации монастыря. Но несмотря на решения (20 октября 1936 г.) наивысшего суда Варшавы в пользу православных, 20 мая 1938 г. Люблинский апелляционный суд признал решения столичного суда неправомочными. Представитель юридического отдела Варшавской митрополии В.Ф. Первенцев защищал интересы обители в арбитражном суде при Международной торговой палате в Париже. Адвокат доказал первоначальное предназначение Корецкого во имя Святой Троицы женского монастыря как православной обители с помощью планов, доставленных игуменьей Феофанией (Павлюк-Задворной) в Варшаву, на них алтарь главного храма был расположен по направлению на восток. В июне 1938 г. Всемирный кассационный суд принял решение оставить здания монастыря православным. 24 июня того же года, до прибытия адвокатов из Парижа, представители власти попытались захватить монастырь. Для этого из Острога в Корец прибыли 12 капуцинских монахов, и была проведена мобилизация солдат пограничной охраны и полиции. Сёстры, предупреждённые местным католическим священиком Р. Годзинским, заперли входную дверь в обитель. Из Ровно для поддержки захватчиков был вызван эскадрон польской конницы, но, по свидетельству очевидцев, возглавлявший отряд нападавших капитан Адамкевич был чудесным образом остановлен: он упал с коня и был перенесён на почтовую станцию Самострелы Ровенского повята. Туда же приехал католический архиепископ, которого капитан, переживший видение, перед смертью попросил не разорять монастырь. 17 сентября 1939 г. Корец заняли советские войска. В ноябре 1939 г. власти закрыли училище и монастырский приют. В августе 1941 г., с началом боевых действий и оккупации Волыни нацистами, в Корецкий во имя Святой Троицы женский монастырь переехали насельницы разрушенного Турковицкого монастыря (современная Польша) во главе с игуменьей Магдалиной (Крисько). В годы Великой Отечественной войны Корецкий во имя Святой Троицы женский монастырь находился в юрисдикции митрополита Алексия (Громадского), возглавлявшего автономную УПЦ и находившегося в каноническом общении с Московской патриархией. Архиерей ежегодно посещал Корецкий во имя Святой Троицы женский монастырь, совершал богослужения. 26 сентября 1941 г. последний раз перед тем, как он был убит, митрополит служил в обители. 14 августа 1942 г. в Корецкий во имя Святой Троицы женский монастырь из возобновлённой Киево-Печерской лавры был принесён ковчег с частицами мощей Печерских святых (впоследствии перед ним ежедневно служили молебны и пели акафисты).