Отдельно от корпуса был выстроен дом для священника-духовника. Второй священник и дьячок жили в монастырских домах в городе. В пятницу светлой седмицы 1580 г. состоялось освящение монастырского собора в честь Воскресения Христова, которое возглавил Львовский и Каменец-Подольский епископ Гедеон (Балабан) в сослужении епископа Кирилла (Терлецкого), епископа Ионы (Гоголя-Богушевича), священников Гераклия Шеверинского и Герасима Даниловича Смотрицкого, ректора Острожской академии. За вечерним богослужением епископ Гедеон (Балабан) постриг княжну Софию Иоакимовну Корецкую в монашество с именем Серафима. В Фомино воскресенье она была возведена в сан игуменьи, а девять послушниц были пострижены в монашество. Особым покровителем Корецкого во имя Святой Троицы монастыря считается князь Андрей Лещинский, родственник князей Корецких; владелец Чарторыйска. Монастырь пользовался уставом Василия Великого. Сложный период в истории Корецкого во имя Святой Троицы монастыря начался после решения в октябре 1596 г. Собора епископов Западнорусской митрополии о принятии Брестской унии. С конца XVI в., после уклонения в унию Луцкого епископа Кирилла (Терлецкого), в Корецкий во имя Святой Троицы монастырь стали приезжать католические ксёндзы и представители западных Орденов с целью склонить насельниц к переходу в унию. Этому влиянию препятствовала игуменья «силою княжеской власти», как сестра местного правителя. Насельниц в их верности православию укрепил переезд киевского полемиста священнка Лаврентия Зизания (1612–1619 гг.) на должность настоятеля корецкого Вознесенского собора. Вскоре в Корец прибыл и его брат Стефан, автор антикатолических трактатов. Братья не только служили в соборе, но и проповедовали в обители, просвещали верующих. Весной 1620 г., после прошения игуменьи Серафимы, которая жаловалась родному брату князю Самуилу Иоакимовичу Корецкому на тесноту монастырских построек, в пределах города был заложен новый, более обширный монастырь во имя Святой Троицы. После событий под Цецорой (1620 г.) в ходе Польско-турецкой войны князь Самуил был приглашён на аудиенцию к папе Римскому Павлу V. Вернувшись из Рима, он принял католичество. В сентябре 1621 г. в сражении под Хотином князь был схвачен и отвезён в Константинополь, пребывал в турецком плену, затем был посажен на кол. Тело правителя было выкуплено родственниками и положено в подземелье строившегося Троицкого храма. В 1622 г. Корцем стал править младший брат Самуила Иоанн Иоакимович, принявший католичество и именовавшийся князем Яном Каролем. Он закончил внутреннюю отделку нового храма и корпуса, но сам недостроенный Троицкий монастырь, вопреки родственной клятве, передал Ордену францисканцев. Прелаты уговорили Яна Кароля вынести из домашней молельни чтимую икону Божьей Матери «Споручница грешных» и плащаницу, считавшиеся древними семейными реликвиями. После празднования Святой Троицы в 1622 г. крестным ходом святыни были перенесены в корецкий замок, где был отслужен молебен, а затем – в Воскресенский монастырь. Некоторое время они находились посередине храма, затем икона была помещена на горнее место, а плащаница – на правой стене у иконостаса. Это событие ежегодно отмечается в монастыре в первый четверг после дня Святой Троицы как праздник иконе «Споручница грешных».