В 1648 г., когда князь Самуил Кароль Корецкий воевал со своим отрядом против запорожцев, в Корце произошло крестьянское восстание. В город вступил казацкий отряд под предводительством полковника Максима Кривоноса, который с первого приступа взял и уничтожил замок, убил всех представителей шляхты, кроме жены князя и прислуги. Присутствие казацких войск на территории современной Западной Украины способствовало относительно спокойному существованию православной обители. Правда, в 1656 г. казацкие войска, возвращавшиеся после варшавской кампании через Корец в Киев, повторно захватили город и замок князей Корецких, вырезали множество мещан-христиан, а также евреев. Убили или взяли в плен несколько инокинь. Когда зверства закончились, игуменья Серафима (Ярмолинская) приехала в стан Богдана Хмельницкого, который, выслушав её жалобу, «приказал татарину отсечь казаку голову, а монахиню, взятую в жёны, и других монастырских пленниц отпустить и возвратить в монастырь». В 1672 г. Корец был уничтожен войсками султана Мехмеда IV, Воскресенский монастырь пришёл в упадок. Сведения об обители во второй половине XVI – первой половине XVII вв. почти не сохранились. После закрытия в 1740 г. Любарского мужского монастыря Корецкий во имя Святой Троицы женский монастырь оставался единственным православным очагом монашества на территории Волыни. В 1752 г. при игуменье Анне (Олесвянской) Луцкий униатский епископ Феодосий Рудницкий, игнорируя международные договорённости, с помощью польского войска перевёл в Корецкий во имя Святой Троицы монастырь монахинь католического монашеского Ордена василиан. Православные монахини Корецкого во имя Святой Троицы монастыря должны были принять унию. Игуменья Анна (Олесвянская) с сёстрами переселилась в Клинецкий монастырь. Период жизни общины в изгнании сопровождался судебными тяжбами с представителями иезуитской Ксаверовско-Овручской коллегии, которая пыталась оспорить права наследственного владения сёлами Збранки и Адамовка. В 1758 г. игуменья Клинецкого монастыря Варвара (Суходольская) вела тяжбы с помещиками-католиками Комаром и Третьяком за насильственный захват сёл и подданных экономии под видом обеспечения причта построенного храма в селе Шоломки. В 1782 г. совмещённая Клинецко-Корецкая община пережила нападение овручских василиан: по распоряжению униатской генеральной консистории при помощи помещиков они ворвались на территорию обители, начали избивать монахинь плетями и палками. Храм был опечатан, а священнику запретили до принятия унии появляться на церковном погосте. Престарелая игуменья Магдалина (Новоселецкая), выселенная из кельи и избитая шляхтичем, потеряла сознание. Затем игуменья с сёстрами отправилась в Корец, где находилась часть корецких насельниц, и месяц спустя скончалась от побоев и нанесённых ран. В экономии поселились корецкие василианки, которые способствовали обращению в унию местных подданных. Некоторые православные монахини скрывались в домах мещан в Корце. После третьего раздела Польши на Волыни была возобновлена православная епархия.