Почти 60 лет в соборе Костромского Богоявленско-Анастасиина монастыря находился Государственный архив Костромской области, в августе 1982 г. в результате пожара погибла значительная часть архива, был нанесён огромный ущерб зданию собора, в том числе фрескам XVII в. В 1980 гг. проводилась реставрация собора, в нём предполагалось открыть зал органной музыки. Второе возрождение монастыря началось в конце 1989 г., когда епископ Костромской и Галичский Александр (Могилёв), предполагая устроить в Богоявленско-Анастасиином храме кафедральный собор, обратился к властям с просьбой о возвращении его РПЦ. 19 марта 1990 г. собор был возвращён Костромской епархии. Одновременно началось возрождение женского монастыря. 26 марта 1991 г. в Кострому из Пюхтицкого в честь Успения Пресвятой богородицы монастыря прибыла группа инокинь во главе со старшей монахиней Иннокентией (Травиной), 29 августа 1991 г. возведённой в сан игуменьи возрождавшегося монастыря. 17 июня 1991 г. епископ Александр (Могилёв) совершил освящение Богоявленско-Анастасиина храма, который стал и кафедральным собором, и главным храмом монастыря. 18 августа того же года крестным ходом в собор перенесли главную святыню Костромского края – Феодоровскую икону Божьей Матери. В течение 1990 гг. Костромской епархии и Костромскому Богоявленско-Анастасииному монастырю был возвращён ряд бывших зданий монастыря. С 1991 г. в трапезном корпусе размещались Костромское духовное училище (в 1996 г. преобразовано в Костромскую духовную семинарию) и Костромское епархиальное управление (с 2003 г. в помещении настоятельского корпуса). С 2003 г. в Богоявленско-Анастасиине соборе пребывают мощи преподобного Тимона Надеевского, ученика преподобного Серафима Саровского, возобновителя Николо-Надеевской пустыни, находившейся в Макарьевском уезде (современный Антроповский район). К 2000 г. в Костромском Богоявленско-Анастасиином монастыре проживали 100 человек, к 2010 г. – 49 насельниц, в том числе игуменья, 19 монахинь и 29 послушниц. В 1991 г. при обители создана богадельня для престарелых равноапостольной Марии Магдалины, в 1993 г. – детский приют св. Иоанна Кронштадтского. С 1991 г. монастырь имел подворье в селе Домнине Сусанинского района, в 2004 г. преобразованное в Домнинский во имя святых Царственных страстотерпцев женский монастырь. Сёстры Костромского Богоявленско-Анастасиина монастыря начинали возрождение Макариева Унженского, Пахомиева Нерехтского Сыпанова и Макариева Писемского монастырей, стали первыми насельницами вновь созданных Тетеринской пустыни (Нерехтский район), костромского в честь иконы Божьей Матери «Знамение» и Домнинского женского монастырей. Обитель трижды посетил патриарх Московский и всея Руси Алексий II (Ридигер). 7 и 8 мая 1993 г. патриарх возглавлял богослужения в соборе, посещал монастырское подворье в селе Домнине. 23 и 24 июля 1994 г., при посещении Костромы в связи с 250-летием Костромской епархии, и 29 августа 2002 г. патриарх вновь служил в монастырском соборе. В 2002 г. освятил установленный на территории монастыря памятник великомученику Феодору Стратилату, святому покровителю города Костромы. После возобновления Костромской Богоявленско-Анастасиин монастырь посещали Президенты РФ Владимир Владимирович Путин (23 марта 2005 г.) и Дмитрий Анатольевич Медведев (15 мая 2008 г.).