Впоследствии насельники вплоть до революции 1917 г. ежегодно 30 декабря поминали погибших защитников обители. В 2004 г. преподобномученики иеромонахи Трифиллий, Макарий и Савватий, иеродиакон Афиноген, монахи Варлаам, Дионисий, Иов, Иродион, Симеон, Кирилл, Максим, Иоасаф и Гурий были включены в Собор Костромских святых. После окончания Смутного времени значение Костромского Богоявленского монастыря стало быстро расти. В сентябре и октябре 1619 г. обитель дважды посетили царь Михаил Фёдорович Романов и царица-инокиня Марфа, совершавшие по случаю освобождения из польского плена патриарха Филарета (Романова) благодарственное паломничество в Макариев Унженский монастырь. Царь Михаил Фёдорович пожаловал к чтимому образу Богоявления два «золотых угорских» (венгерские монеты), а инокиня Марфа – ведро церковного вина «да [наперсный] крест золотой, а на нём распятие, а во главе Спас Нерукотворенный, да на пробою два жемчуга бурминских». С начала XVII в. монастырю покровительствовали владевшие в Костромском крае многочисленными вотчинами бояре Салтыковы, основавшие в обители родовое кладбище. Первым из Салтыковых в подклете Богоявленского собора был похоронен окольничий Михаил Михайлович (в иноках Мисаил; ум. в 1608 г.), затем его сыновья – бояре Борис Михайлович (ум. в 1644 г.) и Михаил Михайлович (ум. в 1671 г.), которые из-за родства с царём пользовались большим влиянием при дворе Михаила Фёдоровича, его внук – Пётр Михайлович (ум. в 1690 г.), и правнук – стольник Фёдор Петрович (ум. в 1662 г.), убитый в Москве во время стрелецкого бунта, и др. Салтыковы, игравшие важную роль при первых Романовых, заботились о благоустройстве монастыря. На протяжении XVII в. каменное строительство в Костромском Богоявленском монастыре велось, в основном, на их средства. Уже в первые годы XVII в. вокруг Богоявленского собора с трёх сторон возвели крытую галерею, а с северной стороны был пристроен одноглавый придел Николая Чудотворца. Одновременно в Костромском Богоявленском монастыре была построена и 8 мая 1610 г. патриархом Московским и всея Руси Ермогеном освящена пятиглавая церковь во имя апостола Иоанна Богослова. В 1607–1618 гг. была возведена трёхэтажная двуглавая Трёхсвятительская (позднее – Сретенская) церковь, а в 1620 гг. построена высокая столпообразная звонница с храмом во имя Сергия Радонежского в нижнем ярусе. В 1642–1648 гг. вокруг Костромского Богоявленского монастыря вместо деревянных выстроили каменные стены с шестью башнями, превратившие обитель в мощную крепость. В числе основных вкладчиков на «оградное строение» наряду с Михаилом Михайловичем Салтыковым был и патриарх Московский и всея Руси Иосиф. В 1667–1672 гг. Богоявленский собор расписала артель костромских изографов во главе с Гурием Никитиным (Гурием Никитичем Кинешемцевым) и Силой Савиным. В 1640–1670 гг. был построен ряд каменных жилых и хозяйственных построек, в том числе игуменская и братские кельи, больничная палата, гостиная палата, погреба. Одним из выдающихся настоятелей XVII в. исследователи называют игумена Герасима (ум. в 1673 г.), возглавлявший обитель в 1644–1673 гг. Уроженец Киева, постриженик Костромского Богоявленского монастыря, он известен исследователям как крупнейший строитель обители.