После кончины он был погребён в подклете Богоявленского собора, где из настоятелей раньше был похоронен только строитель собора игумен Исаия. В 1660 г. игумен Павел был возведён в сан архимандрита (до 1847 г. настоятели состояли в сане архимандрита). Данных о количестве братии до середины XVII в. не сохранилось. Во время морового поветрия 1654 г. в Костромском Богоявленском монастыре умерли 56 иноков, и в 1657 г. численность братии составляла 47 человек. К 1710 г. в Костромском Богоявленском монастыре проживали около 50 человек. Уже к середине XV в. Костромской Богоявленский монастырь владел волостями в Костромском уезде, которые великий князь Московский Василий II Васильевич Тёмный освободил от ряда податей. Сохранилась выпись из писцовых книг 1594/1595 г. на монастырские вотчины в Костромском уезде, позволяющая исследователям отчасти реконструировать более ранние сведения о пожертвованиях монастырю ряда пожен близ Костромы. Упоминаются данные костромских посадских старца Евфимия на пожню Селивановское (около 1500 г. – 1520 гг.), Степана Фатьянова на пожню Фетьяница (около 1500 г. – 1520 гг.), Ивана Протасьева на пожню Батогово (около 1500 г. – 1520 гг.), закладная кабала костромских посадских Демида и Поганка Русиновых «на жеребий» пожни Медведево (1530/1531 г.), данная костромского посадского старца Фаддея Давыдова на пожню Долгуша (1532/1533 г.), закладная кабала костромского посадского Мановинко Игнатьева сына Луковицына на пожню Луковица (1538/1539 г.) и др. К 1609 г. Костромскому Богоявленскому монастырю принадлежала Андреевская слобода близ Костромы и сёла в Костромском уезде: Апраксино, Кривушево, Груздево, Филипцево, Шахово и Закобякино. В 1621 г. царь Михаил Фёдорович Романов пожаловал монастырю Пищальную слободу в Костроме для поселения там монастырских служебников. К концу XVII в. благодаря пожертвованиям и приобретениям Костромской Богоявленский монастырь считался одним из наиболее богатых в России. К 1764 г. в Костромском, Любимском, Московском и Казанском уездах ему принадлежали 17 сёл и 185 деревень, в которых проживал 4581 крестьянин. В XVI–XVII вв. монастырь имел свой двор в кремле Костромы. На начало XVIII в. у него было подворье в Москве. С начала XVIII в. постепенно сокращалась численность братии: если в 1710 г. в обители проживало около 50 человек, то к 1750 г. – только 19, а в 1762 г. – 17 человек. В это время в монастыре почти полностью прекратилось строительство. Лишь в 1752–1760 гг. в Костромском Богоявленском монастыре на средства вдовы Екатерины Михайловны Салтыковой была возведена одноглавая бесстолпная Никольская («Салтыковская») церковь с приделом архангела Михаила (образец елизаветинского барокко) над гробницей генерал-майора Михаила Петровича Салтыкова (ум. в 1750 г.). В 1764 г. Костромской Богоявленский монастырь, отнесённый ко второму классу, лишился всех вотчин. При учреждении в 1778–1779 гг. Костромского наместничества (преобразованного в 1796–1797 гг. в Костромскую губернию) значительную часть построек Костромского Богоявленского монастыря отдали под присутственные места (наместническое правление, гражданская палата, уголовная палата, уездный суд и др.), которые находились здесь до 1808 г.