Наиболее прибыльным источником поступления денег был сбор в селе Грязивицы, благодаря его выгодному расположению, мостовых и таможенных пошлин, а также взимание «на фемьян и на ладан таможенную пошлиною: а сбирали тое пошлину тое ж их вотчины крестьяне на веру, а в соборе было 2 руб. 5 алт.». В 1703 г. таможенные пошлины поступали в монастырь два раза в год. В июне «принесли таможенного сбору с месяца января по месяц июнь» житник старец Антоний и выборный целовальник И. Епифанов 63 руб. 11 алтын, в ноябре – 3 руб. 13 алтын 2 деньги (Государственный архив Вологодской области). Мостовые пошлины из Грязивиц приносили ответственные за их сбор и доставку старец Тарх и монастырские слуги. Первую, весьма крупную денежную сумму – 109 руб., собранную с начала года, старец принёс в июле, 2 руб. 14 алтын 2 деньги поступили в сентябре, и, наконец, 5 руб. старец Тарх принёс в ноябре. Таким образом, общий размер таможенных и мостовых пошлин, собранных монастырём в селе Грязивицы в 1703 г., составил 186 руб. 38 алтын 4 деньги, или 55,7% всех пошлинных денег. В январе, в праздник Антония Великого, на ярмарке, организованной в обители, собирали пошлины с привезённых товаров и за торговлю лошадьми. Это право власти Корнилиева Комельского монастыря получили в 1677 г. по грамоте царя Фёдора Алексеевича, который пожаловал «в вотчине Корнильева монастыря в селе Грязлевицах конские пошлинные деньги збирать в монастырь на свечи, и на ладон, и на всякую церковную утварь, а стремянным, и задворным, и стряпчим конюхом и выборным целовальником для сбору конских пошлинных денег в монастырь и в село Грязлевицы въезжать и пошлин збирать не велено». Сбор конских пошлин в селе Грязивицы конюшенный старец Пахомий осуществлял дважды – в марте и в сентябре. В начале XVIII в. монастырь получил доход за предыдущий год от сбора конских пошлин около 130 руб., или 38,9% всех пошлинных сборов. Доходы Корнилиева Комельского монастыря от сданных в аренду угодий в 1703 г. составляли 20%, значительно меньшую сумму (8,9% всех поступлений) власти монастыря собирали в качестве оброка. 15% доходов Корнилиева Комельского монастыря формировалось за счёт торговли. С мельниц Корнилиев Комельский монастырь получал лишь 5% всех доходов. К 1764 г. Корнилиеву Комельскому монастырю в Вологодском, Пошехонском и Переславском уездах принадлежали 2822 крестьянина. В Вологодском уезде была подмонастырная вотчина, а также сёла Персово (бывшая Перцова пустынь, приписанная к монастырю в 1588 г.), Лапшино, Новое и Коптево (бывшая Коптева пустынь); в Пошехонском – сёла Погорелое и Мошенкино, в Переславском уезде – село Шубино и сельцо Семенково с деревнями и пустошами. Пашни и угодья монастыря составляли в целом около 500 четвертей земли. Монастырю принадлежали три рыбные ловли – при устье реки Лежи, на Окольной Сухоне и при Оназимском истоке. Корнилиев Комельский монастырь имел три подворья – в Москве, за Сретенскими воротами, в приходе Успения Пресвятой Богородицы; в Вологде, в приходе Покрова Пресвятой Богородицы (осадный двор) и на Новинковской улице (келья для приезда монастырских властей). После 1764 г. доходы Корнилиева Комельского монастыря стали снижаться.