Монастырская усадьба застраивалась без чёткого плана: «В одной связи с церковью стояла колокольня, на коей довольно было колоколов, вылитых из слитков меди, оставшейся после пожара. Внутри ограды строение поделено на крестьянский образец. Келья настоятельская, хлебная и кладовая не урядны… Окружающая монастырь ограда по скудоумию построена не в соответствии с прежде бывшей, но с отступкою и уменьшением в пять стен, из коих две ведены прямой линией, а за тем тремя косвенными нелепыми сгибами, с покрышкою в один тёс... Строения вне монастыря почти все сгнили; маленькая пристань, построенная для приезжающих соловецких богомольцев без поддержки и поновления, от напора Онежских валов полуразрушилась. Землепашество не только на отдалённых монастырских землях, но даже на самом Палеострове и ближайшем Речном острову пришло в большой упадок против прежнего; некогда распаханные борозды поросли большими деревами. Снастей для рыбных ловель не имелось. Наконец, даже счётных книг для записи монастырских приходов и расходов не велось. Братство состояло из настоятеля, одного столетнего схимонаха и одного восьмидесятилетнего монаха». Крупное строительство на Палеострове и упрочение материального положения обители связаны с деятельностью игумена Иоасафа (Белоусова), стоявшего во главе братии в 1811–1840 гг. В 1805 г. строитель иеромонах Пахомий обращался к Новгородскому митрополиту Амвросию (Подобедову) с просьбой разрешить возведение второго храма и заготовку строительных материалов «с желающими обывателями и градскими благотворителями соусердствовать имущими вкладами» (Национальный архив Республики Карелия). Новый, каменный Богородице-Рождественский собор был заложен только в 1816 г. на месте погребения основателя обители, где прежде стояла деревянная часовня, и освящён 27 мая 1820 г. (Национальный архив Республики Карелия). В соборе под балдахином находилась «рака преподобному отцу Корнилию Палеостровскому чудотворцу, устроенная из красного цельного дерева с билястрами и карнизами» с образом подвижника на крышке. Рядом на тумбе хранились его вериги и железный пояс в 30 фунтов. В западной части собора, отделённой капитальной стеной, были тёплые приделы во имя пророка Илии (освящён 27 сентября 1830 г.) и Николая Чудотворца (24 сентября 1831 г.). Над соборной папертью возвышалась каменная колокольня, в северной части паперти помещались архив и кладовая. По случаю закладки собора прежняя, деревянная церковь Рождества Пресвятой Богородицы была перенесена на 10 сажён к северу, утеплена и освящена во имя преподобного Ефрема Сирина (Национальный архив Республики Карелия). К 1820 г. в Корнилиевом Палеостровском монастыре были новые братские кельи, «погребок для поклажи в зимнее время овощей», деревянный двухэтажный амбар «для поклажи разного монастырского имущества», гавань «для сохранения судов от западного ветра на двадцать саженей», скотный двор (1813 г.), баня, «гумно и рига новые в поле», «амбар новый деревянный к южной горе поставлен для хранения в нём извести».