Мощи преподобного Корнилия Палеостровского почивали под спудом в каменном Богородице-Рождественском соборе. В конце XVIII в. рака «не имела приличного украшения, сделана наподобие сундука, обита с двух сторон ветхою камкою. Вериги же многопочитаемые лежали на помосте церковном». В начале XIX в. бывший послушник обители Тихон Баландин решил соорудить раку «из красного цельного дерева» и к ней «написать помянутого угодника Божия святой образ и оный обложить окружным оплечным серебряным окладом и с венцом серебряным позлащённым». Новая деревянная гробница, привезённая в 1806 г. «зимним путевым трактом», «по верхнему окружному борту» была обложена медными посеребренными «охватами с вычеканкою искусно осьми херувимов» и выглядела богато. По привинченной с лицевой стороны медной доске, также украшенной херувимами, шла чеканная надпись, сообщавшая кроме точной даты сооружения этого памятника имя и звание благотворителя. На устройство раки была потрачена внушительная сумма (604 руб. 35 коп.). Кроме раки Тихон Баландин передал в дар монастырю несколько икон с изображением преподобного Корнилия и святителя Тихона, епископа Амафунтского. Паломники, приходившие в Корнилиев Палеостровский монастырь, обязательно посещали пещеру, в которой, по преданию, молился преподобный Корнилий. По воспоминаниям Константина Константиновича Случевского, посетившего Палеостров в конце XIX в., «от церкви, где пред мощами святого Корнилия был отслужен молебен, путешественники отправились к его пещере, находящейся в расстоянии около 200 сажён от монастыря, на берегу... Деревянная лесенка ведёт к часовне, составляющей преддверие пещеры. Сама пещера настолько мала, что Челищев даже сомневается, чтобы преподобный мог жить в такой тесноте… Но и в житии не говорится, чтобы святой жил здесь постоянно. Он только удалялся сюда на время для молитвы и уединённых подвигов, для которых, конечно, никаких удобств не требовалось». Обычно Корнилиев Палеостровский монастырь посещали паломники, направлявшиеся через Повенец в Соловецкий в честь Преображения Господня монастырь. В день памяти (19 мая) преподобного Корнилия крестный ход направлялся в часовню, стоявшую «на северной стороне острова у подножия горы при пещере», в которой, по преданию, уединённо жил подвижник. В народном календаре прихожан ближайшего Толвуйского погоста, обязательно посещавших обитель в этот день, существовала особая примета: «Если на Корнилия дождь затяжной, лето будет сухое. Обитель дважды захватывали «раскольники», среди которых преобладали жители заонежских деревень. В 1687 г. на Палеострове произошло наиболее крупное в Карелии самосожжение старообрядцев (до 2 тыс. человек). При подходе карательного отряда из Новгорода бунтовщики, «не допуская себя поимать, запершися в монастырскую церковь и в трапезу, и в трапезе згорели все без остатку». К 1689 г. Корнилиев Палеостровский монастырь вновь оказался в руках «раскольников», которые бесчинствовали здесь в течение девяти недель. Игумен Тихон, десять братьев и три причётника были закованы в цепи и брошены в погреб, где сгорели вместе с захватчиками. Осаждавшие сумели вынести из пламени 28 икон, восемь колоколов, чёрный бархатный покров с раки преподобного Корнилия, его вериги и сломанные часы. После двух гарей собравшаяся через полгода братия приступила к возрождению обители.