По мнению Е.В. Барсова, «всеми этими богатствами» Палеостровский монастырь был обязан «особенному рачению настоятеля Иосифа». По переписи 1647 г., в обители проживали 44 насельника в 12 кельях, 19 «монастырских детенышей», не считая крестьян и богорадников. В центральной усадьбе некоторое время стоял четвёртый храм – во имя св. Михаила Малеина с приделом преподобного Алексия, человека Божия. Монастырская вотчина начала складываться в период новгородской независимости. Первыми приобретениями Корнилиева Палеостровского монастыря стали остров Палей и ближайшие к нему малые острова: Речной, Кобылий, Зайцев (Заяцкий), пожалованные в 1440 гг. Монастырские владения, отданные новгородскими вотчинниками, среди которых заметное место занимал Панфилий Селифонтов, располагались в четырёх погостах: в Шунгском погосте – однодворная деревня на Пажострове, «сельцо» и угодья близ озёр Нижнее и Верхнее Пигмозеро; в Толвуйском погосте – пожня Косуха и деревня Яковлево Сиденье, в Чёлмужском погосте – лесные угодья в Оравгубе, Волозере и Растнаволоке, сенокосы и рыбные ловли по северному побережью Онежского озера у реки Аржемы, Орлова острова, в Карныш губе, у Оравнаволока и в Чёлмужах; в Шальском погосте – земли и рыболовные тони в Унойгубе. В 1551 г. царём Иваном IV Васильевичем Грозным обители были даны земли и угодья двух запустевших деревень на реке Путке в Шунгском погосте. В 1615 г. монастырская вотчина пополнилась деревней Павлов Наволок (Баркова) на берегу губы Святуха. Самые удалённые от Корнилиева Палеостровского монастыря рыбные ловли располагались в низовье реки Выг, у порога Золотец, – они были получены от новгородского боярина Кондрата Денисова. В 1554 г. по грамоте царя Ивана IV Васильевича выделен ещё один рыболовный участок. Корнилиев Палеостровский монастырь торговал солью и продуктами морского промысла, имел право на беспошлинный провоз товаров зимой на определённом количестве саней и летом – лодей, а также содержал амбары и постоялые дворы в Суме и Повенцах (с 1782 г. – Повенец). В 1530 гг. монастырские земли и угодья в Шальском погосте стали предметом спора с Муромским в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырём, который представил в качестве доказательства своих владельческих прав подложную духовную новгородского вкладчика Панфилия Селифонтова. Согласно разделу, произведённому в 1540 г., выигравшие спорное дело палеостровские старцы получили северную часть Унойгубы и многие острова с пожнями, рыбными ловлями и поселениями (починки Марнаволок, Пертнаволок, в устье реки Чажвы). Вотчина Корнилиева Палеостровского монастыря в Заонежских погостах включала в 1628–1629 гг. девять крестьянских и бобыльских дворов и десять человек; в 1647 г. 11 дворов и 19 человек; в 1678 г. 12 дворов и 32 человека.