Получив у царей Петра I и Ивана V Алексеевичей ежегодную «милостинную» ругу (18 руб. 22 алтына 2 деньги, ржи и овса по десять четвертей, на просфоры 13 четвертей ржи), а также единовременно 100 руб. «на церковное монастырское строение», монахи срубили церковь во имя Николая Чудотворца с приделом пророка Илии и несколько келий. Строитель старец Мисаил исходатайствовал новую охранную грамоту на все прежние владения. Несмотря на пожертвования и милости российских царей и архиереев, разграбленный Корнилиев Палеостровский монастырь уже не мог вернуть прежнего благосостояния. В XVIII в. число насельников стремительно уменьшалось. В 1722 г. монашескую общину на Палеострове из сорока человек возглавлял строитель иеромонах Кирилл (Чудинов). В 1741 г. в Корнилиевом Палеостровском монастыре проживало семь человек (строитель, келарь, казначей и четыре монаха), в 1755 г. – строитель иеромонах Макарий, схимонах Савватий, монахи Филарет, Мелхиседек и Феофилакт, «да служителей бельцов пять человек» (Государственный архив Новгородской области), в 1788 г. – всего три старца: строитель иеромонах Корнилий, монахи Феофилакт и Арсений. Согласно описи монастырского имущества, составленной в связи со смертью строителя монаха Виталия в 1754 г., небольшая монашеская община располагала всеми необходимыми для существования зданиями. Монастырский комплекс на Палеострове включал пятиглавую шатровую церковь Рождества Пресвятой Богородицы, церковь во имя пророка Илии, «низменную о единой главе… с трапезою и келарскою службою», часовню преподобного Корнилия, деревянную колокольню с восемью колоколами, а под ней – «казенный анбар с чюланами», где хранились царские грамоты, важные документы и некоторые хозяйственные предметы (фонарь, безмены, якори, конская упряжь, серпы, топоры и т.д.). Из прочих строений в описи упоминаются деревянные «келья настоятельская с сеньми и с чюланами», «братцких две кельи с сенми и с чюланами», «келья хлебенная». За крытой тёсом оградой располагались хозяйственные постройки: «Поваренная келья с сенми и с чюланами и при той келье поварня», «конюшенной двор», «коровей двор с сараем и с хлевами» и «для работников келья с чюланами». На реках Путке и Рагуше стояло по две мельницы (Государственный архив Новгородской области). В 1764 г. Корнилиев Палеостровский монастырь лишился земельных владений, получил статус заштатной обители «на своём содержании», т.е. без казённого жалованья, и оказался в бедственном положении. Гавриила Романович Державин в 1785 г. отметил, что Палеостровский монастырь «весма ветх и без призрения». В 1793 г., при строителе иеромонахе Симеоне, произошёл сильный пожар: сгорели деревянные храмы, жилые и хозяйственные постройки и ограда (Архив Санкт-Петербургского филиала института истории РАН). Небольшой деревянный храм Рождества Пресвятой Богородицы вскоре был возведён и 10 ноября 1793 г. освящён (Национальный архив Республики Карелия).