Первым в Ирландии в 1535 г. был закрыт женский августинский приорат в Грейни (графство Килдэр), однако приоресса Эгидия Уэйл сдала имущество лишь в июле 1538 г. Монастыри францисканцев и кармелитов в Килдэре были закрыты в апреле 1539 г. Епископ Уолтер Уэллзли (1529–1539 гг.), который после избрания на кафедру Килдэра сохранил должность приора монастыря Грейт-Коннелл, пытался спасти обитель от уничтожения. Епископ мотивировал просьбу тем, что в монастырь никогда не принимались «ирландские мятежники», его насельники просвещали местное население и оказывали гостеприимство королевским чиновникам. Однако после смерти епископа обитель была закрыта (1541 г.). Конфискованные церковные земли раздавались мелкой английской аристократии, дворянству (джентри) и колонистам, которые должны были поддерживать английскую администрацию и оказывать сопротивление мятежникам. За счёт конфискаций в графстве Килдэр укрепились позиции английского дворянства (Юстасов, Уэллзли, Саттонов и др.). В 1540 г. король Генрих VIII самостоятельно назначил епископа Килдэра, отказав кандидатам, предложенным Римской курией. После того как английский престол заняла католичка Мария I Тюдор (1553–1558 гг.), епископа Томаса Ланкастера (1549–1554 гг.) сместили по причине вступления в брак. На кафедру был возведён епископ Томас Леверус (1555 – около 1577 гг.), твёрдый сторонник католицизма. После восстания Томаса Шёлкового Т. Леверус поддерживал опальное семейство Фицджеральдов и пытался побудить ирландских вождей к мятежу против английской короны. За отказ принести присягу королеве Елизавете I Тюдор (1558–1603 гг.), как главе Церкви в Англии и Ирландии, он был лишён кафедры; работал школьным учителем, а в последние годы жизни тайно исполнял обязанности католического епископа в диоцезе Килдэра (распространялись сведения о чудесах, которые совершались на его могиле в Нейсе). После смерти Т. Леверуса католическая кафедра не замещалась из-за преследований властей, епископством управляли апостольские викарии. В 1606 г. Роберт Лейлор, викарий диоцезов Дублин, Килдэр и Фернс, был арестован за отказ принести присягу королю как главе церкви и вскоре казнён. После вступления на престол короля Карла I (1625–1649 гг.) положение католиков несколько улучшилось, на кафедру Килдэра был назначен провинциал Ордена доминиканцев Рош Мак-Гейган (1629–1644 гг.), однако после его смерти управление вновь осуществляли апостольские викарии. Несмотря на значительное количество католических приходов (в 1622 г. – 70 приходов), диоцез считался бедным. Епископ Марк Форсталл (1676–1683 гг.) при поддержке католического святого Оливера Планкета, архиепископа Арма (1669–1681 гг.), ходатайствовал перед Папским престолом о передаче под его управление также епископства Лехлин.